Qua thực tế triển khai thực hiện Luật NSNN, bên cạnh những kết quả đạt được, còn một số hạn chế như: Tính lồng ghép của hệ thống NSNN (NSNN bao gồm NSTW và NSĐP); căn cứ lập dự toán ngân sách của các Bộ, cơ quan trung ương, các địa phương và các đơn vị sử dụng ngân sách chưa cụ thể, dẫn đến việc phân bổ và giao dự toán chi cho một số cơ quan, đơn vị chưa thực sự
hợp lý, chưa phù hợp với đặc thù của từng ngành, từ đó cũng làm cho quá trình phân bổ, triển khai thực hiện chậm; việc tổ chức thực hiện chế độ thông tin báo cáo từ cơ quan kho bạc cho cơ quan tài chính ở nhiều địa phương còn chưa kịp thời, đầy đủ do hệ thống các mẫu biểu còn chưa phù hợp, chỉ tiêu báo cáo chưa ổn định, chưa thống nhất và còn chồng chéo; chưa chú ý trong tổ chức thực hiện chế độ thông tin báo cáo giữa đơn vị sử dụng ngân sách với cơ quan chủ quản và thông tin báo cáo giữa cơ quan chủ quản với cơ quan tài chính để đáp ứng yêu cầu quản lý khi thực hiện quy trình chi mới,…
Do vậy, việc sửa đổi Luật NSNN cho phù hợp với xu hướng hiện nay là rất cần thiết. Kiến nghị Bộ Tài chính phối hợp với các cơ quan, đơn vị có liên quan tiến hành rà soát, báo cáo đánh giá kết quả thực hiện Luật NSNN, những vấn đề còn hạn chế và đưa ra dự kiến một số nội dung sửa đổi Luật NSNN trình Thủ tướng Chính phủ, trình Quốc hội phê duyệt, cụ thể theo hướng: Hạn chế và tiến tới xoá bỏ tính lồng ghép của hệ thống NSNN, đảm bảo tính chủ động và tăng cường quyền hạn đối với chính quyền địa phương trong việc lập, quyết định, giao dự toán ngân sách, sử dụng ngân sách và quyết toán ngân sách, tăng tính công khai, minh bạch của NSNN, kiến nghị sửa đổi: Quốc hội xem xét, quyết định dự toán NSTW và phân bổ NSTW, phê chuẩn quyết toán NSTW; quy định về nhiệm vụ, quyền hạn của các Bộ, địa phương xây dựng và tổ chức thực hiện khuôn khổ tài chính trung hạn và khuôn khổ chi tiêu trung hạn (trước mắt là 3 năm, sau đó mở rộng ra 5 năm, 10 năm) phù hợp với kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội đất nước, của từng ngành, lĩnh vực, của từng Bộ, địa phương. quy định về việc lập, bố trí ngân sách theo chương trình, nhiệm vụ, dự án, chú trọng hiệu quả đầu ra; giao trách nhiệm của các Bộ, ngành xây dựng hệ thống các chỉ tiêu, phương pháp xác định và đánh giá kết quả thực hiện đầu ra về số lượng và chất lượng làm căn cứ cho việc lập, bố trí ngân sách đối với các chương trình, nhiệm vụ, dự án này, đồng thời làm cơ sở
đánh giá kết quả, hiệu quả thực hiện nhiệm vụ và quản lý, sử dụng nguồn lực ngân sách đầu tư thực hiện các nhiệm vụ này.