Để đảm bảo thông tin về NSNN, về quỹ NSNN tập trung, thống nhất, có độ tin cậy cao, cần tạo lập hệ thống thu thập, xử lý, tổng hợp, cung cấp thông tin phù hợp và hữu hiệu. Hiện nay, ở nước ta chưa có trung tâm kế toán để phản ánh và tổng hợp thông tin về tài sản, vốn, quỹ quốc gia. Công tác kế toán tài sản, vốn, quỹ, thu, chi NSNN, quỹ NSNN, ngân quỹ nhà nước còn do nhiều cơ quan đồng thời thực hiện. Mỗi cơ quan lại áp dụng một chế độ hạch toán khác nhau, nên dẫn đến tình trạng không thống nhất về chứng từ kế toán,
về phương pháp hạch toán và cung cấp thông tin. Số liệu kế toán phản ánh thiếu thống nhất, đặc biệt các khoản thu, chi NSNN, thu, chi quỹ NSNN. Điều 61 Luật NSNN đã quy định: KBNN tổ chức thực hiện hạch toán kế toán NSNN, định kỳ báo cáo việc thực hiện dự toán thu - chi ngân sách cho cơ quan tài chính cùng cấp và cơ quan nhà nước hữu quan. Để làm được điều đó, hệ thống kế toán KBNN cần được hoàn thiện theo hướng sau:
Thứ nhất, thiết lập hệ thống kế toán tập trung thuộc KBNN để thực
hiện quản lý các tài khoản của Nhà nước và phục vụ cho việc điều hành, hạch toán các hoạt động tài chính của Nhà nước, mà trọng tâm là thu, chi quỹ NSNN. Cơ quan này được phân định một cách rõ ràng với kế toán của đơn vị dự toán và được tổ chức tập trung theo một hệ thống dọc. Từ đó, cung cấp thông tin nhanh, chính xác cho lãnh đạo các cấp chính quyền và các nhà quản lý trong công tác chỉ đạo, điều hành. Đồng thời, tạo điều kiện cho các cơ quan quyền lực kiểm tra việc chấp hành NSNN. Để việc xây dựng hệ thống kế toán tập trung có kết quả, cần xây dựng tổng kế toán quốc gia.
Song song với thành lập cơ quan kế toán tập trung, thì cơ quan Kiểm toán Nhà nước trực thuộc Quốc hội tham gia tích cực vào công tác kiểm toán các cơ quan, đơn vị sử dụng ngân sách, nhằm giúp Quốc hội giám sát việc quản lý, điều hành quỹ NSNN cũng như thẩm tra báo cáo quyết toán NSNN của Chính phủ làm căn cứ cho việc phê chuẩn, quyết định của Quốc hội.
Hai là, xây dựng hệ thống tài khoản kế toán hoàn chỉnh và khoa học.
Hệ thống tài khoản phải vừa phản ánh được một cách đầy đủ các mặt hoạt động của KBNN, vừa đáp ứng được yêu cầu quản lý các loại tài sản của Nhà nước thuộc phạm vi đối tượng kế toán KBNN, nhất là quỹ NSNN. Nghĩa là, nó phải được phân loại một cách đơn giản, khoa học để cung cấp được nhiều thông tin và tài liệu khác nhau, tạo điều kiện cho các nhà quản lý và lãnh đạo chính quyền các cấp đều có thể sử dụng được. Đồng thời, sự phân loại đó phải
phù hợp với những yêu cầu của việc tin học hoá công tác kế toán.
Ba là, xác định rõ đối tượng kế toán của từng cơ quan, đơn vị. Cụ thể:
- Đối với cơ quan tài chính, thì đối tượng kế toán bao gồm: Số thực thu, số thực chi; số dự thu, số ghi thu; số dự chi, số ghi chi.
- Đối với KBNN, thì đối tượng kế toán bao gồm: Số thực nhập, thực xuất; số dự thu, số ghi thu; số dự chi, số ghi chi. Thông qua việc phản ánh, ghi chép những số liệu trên sẽ đảm bảo cung cấp đầy đủ các thông tin, dữ liệu cho công tác quản lý NSNN của các cấp chính quyền và các cơ quan có liên quan. Đồng thời, ngăn ngừa các hiện tượng tiêu cực ngay trong các cơ quan quản lý NSNN như xâm tiêu, biển thủ tiền thuế của cán bộ thu; cấp phát kinh phí của cơ quan tài chính cho đơn vị dự toán vượt mức cho phép,...
- Đối với các đơn vị dự toán, thì đối tượng kế toán bao gồm: Số dự chi, số được phép chi, số thực chi, số thực trả tiền và số nợ còn phải trả. Qua đó, không chỉ cung cấp thông tin, dữ liệu cho việc kiểm soát và xét đoán kết quả chi tiêu, mà còn cho việc lập dự toán NSNN năm sau.
Bốn là, báo cáo tài chính về quỹ NSNN, về NSNN của các cơ quan
(KBNN, Tài chính, đơn vị dự toán) phải đảm bảo sự thống nhất về chỉ tiêu, căn cứ và phương pháp lập. Kết thúc năm ngân sách, số liệu phải được kết toán và đối chiếu khớp đúng mọi chi tiết theo MLNSNN giữa các cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Về việc quyết toán NSNN: Để đảm bảo cho việc lập báo cáo quyết toán NSNN được chính xác, khách quan và thống nhất, thì phải xây dựng quy trình quyết toán NSNN theo hướng:
Một là, quyết toán NSNN phải tuân thủ nguyên tắc quyết toán từ dưới
lên. Đối với từng cấp phải có một cơ quan duy nhất chịu trách nhiệm về phê duyệt quyết toán chi tiết theo từng mục chi của MLNSNN và quyết toán đến chứng từ chi tiêu của đơn vị. Trong công tác quyết toán và kiểm tra quyết
toán nhất thiết phải có sự phối hợp giữa cơ quan quản lý và cơ quan cấp phát. Thực hiện quyết toán theo số thực chi được chấp nhận theo quy định, không quyết toán theo số chuẩn chi hoặc số cấp phát. Kiên quyết xuất toán các khoản chi sai chế độ, tiêu chuẩn, định mức chi tiêu.
Hai là, phải thống nhất tên gọi, nội dung, phương pháp tính toán các chỉ
tiêu trong báo biểu quyết toán, đảm bảo phù hợp trong cả quá trình lập, chấp hành và quyết toán ngân sách, nhất là theo MLNSNN.
Ba là, tăng cường chất lượng công tác thẩm tra, phê chuẩn tổng quyết
toán NSNN của Quốc hội bằng cách thiết lập quy trình, thủ tục thẩm tra xem xét phê chuẩn của Quốc hội. Nâng cao năng lực và thực quyền của của Uỷ ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội. Xác lập lại hệ thống và nâng cao chất lượng, hiệu lực hoạt động của Kiểm toán Nhà nước để nâng cao tính độc lập, khách quan, độ tin cậy của các bản báo cáo kiểm toán quyết toán NSNN.