Trên cơ sở hồ sơ đề nghị thanh toán của chủ đầu tư, KBNN căn cứ vào các điều khoản thanh toán được quy định trong hợp đồng (số lần thanh toán, giai đoạn thanh toán, thời điểm thanh toán và các điều kiện thanh toán) và giá trị từng lần thanh toán để thanh toán cho chủ đầu tư. KBNN không chịu trách nhiệm về tính chính xác, hợp pháp của khối lượng thực hiện, định mức, đơn giá, dự toán các loại công việc, chất lượng công trình. KBNN chỉ căn cứ vào hồ sơ thanh toán và thực hiện thanh toán theo hợp đồng, cụ thể:
- Kiểm tra tính đầy đủ, tính hợp pháp, hợp lệ của hồ sơ dự án và chứng từ thanh toán thể hiện trên các nội dung về số lượng của hồ sơ, chứng từ; hình thức của chứng từ có đúng mẫu quy định không, có đầy đủ nội dung, chữ ký, con dấu của tổ chức, cá nhân theo đúng phân cấp của pháp luật về công tác quản lý vốn đầu tư XDCB hay không; kiểm tra các chủ thể tham gia ký kết hợp đồng kinh tế, các nội dung chủ yếu của hợp đồng kinh tế giữa chủ đầu tư và nhà thầu có tuân thủ theo pháp luật về hợp đồng kinh tế; kiểm tra sự lô gích về thời gian của hồ sơ dự án, chứng từ thanh toán theo từng giai đoạn thực hiện dự án,...
- Kiểm soát việc chấp hành trình tự đầu tư và xây dựng, định mức, đơn giá và các chế độ chính sách do Nhà nước quy định: các khoản chi có tuân thủ theo đúng trình tự XDCB không, có đầy đủ thủ tục về đầu tư và xây dựng không; các khoản chi ở giai đoạn chuẩn bị đầu tư phải có dự toán chuẩn bị đầu tư được duyệt, các khoản chi cho các gói thầu thi công xây dựng và mua sắm thiết bị ở giai đoạn thực hiện dự án phải có quyết định phê duyệt dự án,
tổng dự toán được duyệt đã tổ chức đấu thầu hoặc chỉ định thầu theo quy định của Luật Đấu thầu,... Kiểm soát từng khoản chi thông qua chứng từ thanh toán về định mức, đơn giá của từng công việc đã thực hiện so với định mức, đơn giá của công việc đó được cấp có thẩm quyền phê duyệt hoặc theo đơn giá trúng thầu; các khoản chi phát sinh trong quá trình thực hiện được duyệt bổ sung vào dự án, các trường hợp điều chỉnh dự án, điều chỉnh thiết kế, thay đổi chế độ chính sách tiền lương của dự án làm tăng, giảm các khoản chi vốn đầu tư XDCB thuộc nguồn vốn NSNN,...
- Thời gian để kiểm soát các khoản chi theo nội dung nêu ở trên của KBNN trong phạm vi thời gian quy định của pháp luật về đầu tư XDCB (không quá 7 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ). Quá trình kiểm soát không gây ách tắc về thanh toán, không ảnh hưởng đến tiến độ thi công công trình và không gây phiền hà cho đơn vị thụ hưởng ngân sách...