Luật NSNN (sửa đổi) đã được triển khai thực hiện năm 2004 đến nay đối với các khoản chi thường xuyên của NSNN đã được vận hành tương đối hoàn chỉnh tạo điều kiện thuận lợi cho các đơn vị sử dụng ngân sách. Song, hiện nay việc áp dụng phương thức cấp phát theo hình thức rút dự toán tại KBNN còn gặp phải một số hạn chế như đã trình bày ở Chương II, đó là: Cơ chế kiểm soát, thanh toán theo dự toán tại KBNN cũng gặp một số vấn đề vướng mắc về mặt kỹ thuật đối với việc kiểm soát, thanh toán đối với cơ quan thực hiện khoán chi quản lý hành chính, đơn vị sự nghiệp có thu, chi ngân sách xã, chi đối với chương trình khoa học trọng điểm cấp nhà nước, chi kinh phí uỷ quyền, chi ngân sách xã,... Dự toán giao cho các đơn vị hiện nay còn chậm, nhiều trường hợp quá chậm, phần lớn không được giao ngay từ đầu năm, dẫn đến việc chi tiêu của đơn vị cũng như việc kiểm soát, thanh toán của KBNN gặp nhiều khó khăn. Các căn cứ xây dựng dự toán còn thiếu và không đồng bộ, đặc biệt là các chế độ, tiêu chuẩn, định mức chi tiêu,... Để khắc phục
những vướng mắc trên và áp dụng có hiệu quả phương thức cấp phát này, chúng ta cần hoàn thiện chính sách, chế độ đối với công tác kiểm soát chi thường xuyên NSNN, cụ thể:
Thứ nhất, tiếp tục xây dựng, sửa đổi bổ sung, hoàn thiện các văn bản
chế độ về kiểm soát chi ngân sách bằng hình thức chi theo dự toán từ KBNN. Ban hành những quy định cụ thể về quy trình, thủ tục chi ngân sách theo dự toán được duyệt đối với kinh phí uỷ quyền, chi cho các chương trình khoa học trọng điểm cấp nhà nước, chi ngân sách xã, phường,... vừa tạo điều kiện thuận lợi cho đơn vị sử dụng ngân sách vừa đảm bảo quản lý ngân sách một cách chặt chẽ, hiệu quả.
Thứ hai, cơ quan nhà nước có thẩm quyền, cơ quan tài chính và các cơ
quan quản lý chuyên ngành cần ban hành đầy đủ, đồng bộ các chế độ, tiêu chuẩn, định mức chi tiêu phù hợp với tình hình thực tế để làm cơ sở cho việc lập và quyết định dự toán NSNN của các đơn vị thụ hưởng được kịp thời, phù hợp và có căn cứ. Cần có quy chế quy định bắt buộc các cơ quan chủ quản cấp trên phải giao dự toán NSNN cho các đơn vị cấp dưới ngay từ đầu năm. KBNN kiên quyết không thực hiện cấp phát, thanh toán, kể cả việc cấp tạm ứng đối với những đơn vị không có dự toán, không gửi dự toán đến KBNN trong những tháng đầu năm (trừ các nhu cầu không thể trì hoãn và theo đúng quy định của pháp luật). Cơ quan chủ quản, đơn vị dự toán cấp trên hoàn toàn chịu trách nhiệm về sự chậm trễ, thiếu chính xác trong việc giao dự toán cho các đơn vị thụ hưởng ngân sách trực thuộc.
Thứ ba, cần phân định rõ thẩm quyền, trách nhiệm của các đơn vị có liên
quan trong việc quản lý, điều hành và sử dụng NSNN. Theo quy định của Luật NSNN (sửa đổi), cơ quan tài chính có trách nhiệm xây dựng dự toán, giám sát, kiểm tra việc chấp hành dự toán ngân sách của các đơn vị thụ hưởng, chủ động bố trí nguồn đáp ứng các nhu cầu chi của ngân sách; cơ quan
quản lý cấp trên có trách nhiệm phân bổ, giao dự toán cho các đơn vị thụ hưởng kịp thời, chính xác; KBNN thực hiện kiểm tra, kiểm soát và thực hiện thanh toán kịp thời, đầy đủ và chính xác cho các đơn vị thụ hưởng ngân sách, đảm bảo các khoản chi phải có trong dự toán được giao, đúng chế độ, tiêu chuẩn, định mức theo quy định; đơn vị thụ hưởng thực hiện chi tiêu NSNN theo đúng dự toán được giao, đảm bảo tiết kiệm và có hiệu quả.
Cùng với việc phân định rõ trách nhiệm, cũng cần có sự phối kết hợp chặt chẽ giữa đơn vị thụ hưởng ngân sách, cơ quan chủ quản, cơ quan tài chính, KBNN,... trong quá trình quản lý và điều hành NSNN. Cụ thể, hàng ngày KBNN phải tổng hợp tình hình thu, chi và tồn quỹ NSNN; tình hình chi tiêu (số đã chi, số còn phải chi) của các đơn vị; khả năng tạm ứng tồn ngân quỹ KBNN,... gửi cơ quan tài chính để làm căn cứ điều hành NSNN. Tăng cường tính chủ động, tự chịu trách nhiệm của đơn vị trong việc chi tiêu gắn liền với việc tăng cường kiểm tra, kiểm soát của các cơ quan thanh tra, kiểm toán,...