Việc quản lý, cấp phát thanh toán cho các đơn vị sự nghiệp có thu hiện nay thực hiện theo quy định tại Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/04/2006 của Chính phủ Quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập; Thông tư số 71/2006/TT-BTC ngày 9/8/2006 hướng dẫn thực hiện Nghị định số 43/2006/NĐ-CP, Thông tư số 113/2007/TT-BTC ngày 24/9/2007 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 71/2006/TT-BTC, Thông tư số 81/2006/TT-BTC ngày 6/9/2006 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ kiểm soát chi đối với các đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính và Thông tư số 153/2007/TT-BTC ngày 17/12/2007 của Bộ Tài chính sửa đổi một số điểm của Thông tư số 81/2006/TT-BTC. Cụ thể như sau:
- Đối tượng áp dụng: Các đơn vị sự nghiệp công lập do các cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định thành lập (đơn vị dự toán độc lập, có con dấu
và tài khoản riêng, tổ chức bộ máy kế toán theo quy định của Luật Kế toán), hoạt động trong các lĩnh vực sự nghiệp Giáo dục - Đào tạo và Dạy nghề; sự nghiệp Y tế, Đảm bảo xã hội; sự nghiệp Văn hoá - Thông tin (bao gồm cả đơn vị phát thanh truyền hình ở địa phương), sự nghiệp Thể dục - Thể thao, sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác.
- Mục tiêu: Các đơn vị sự nghiệp được chủ động trong việc tổ chức công việc, sắp xếp lại bộ máy, sử dụng lao động và nguồn lực tài chính để hoàn thành nhiệm vụ được giao, phát huy mọi khả năng của đơn vị để cung cấp dịch vụ với chất lượng cao cho xã hội, tăng nguồn thu nhằm từng bước nâng cao thu nhập cho người lao động. Các đơn vị sự nghiệp còn được chủ động thực hiện chủ trương xã hội hoá trong việc cung cấp dịch vụ cho xã hội, huy động sự đóng góp của cộng đồng xã hội để phát triển các hoạt động sự nghiệp, từng bước giảm dần bao cấp từ NSNN.
Ngoài ra, các đơn vị sự nghiệp công lập có hoạt động dịch vụ được vay vốn của các tổ chức tín dụng, được huy động vốn của cán bộ, nhân viên trong đơn vị để đầu tư mở rộng và nâng cao chất lượng hoạt động sự nghiệp, tổ chức hoạt động dịch vụ phù hợp với chức năng, nhiệm vụ và tự chịu trách nhiệm trả nợ vay theo quy định của pháp luật.
- Nguyên tắc thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm đối với các đơn vị sự nghiệp: Hoàn thành nhiệm vụ được giao (phù hợp giữa chức năng, nhiệm vụ được giao và phù hợp với khả năng chuyên môn, tài chính của đơn vị); thực hiện công khai, dân chủ theo quy định của pháp luật; thực hiện quyền tự chủ gắn với tự chịu trách nhiệm về những quyết định của mình trước cơ quan quản lý cấp trên trực tiếp và trước pháp luật, đồng thời chịu sự kiểm tra, giám sát của cơ quan nhà nước có thẩm quyền; bảo đảm lợi ích của Nhà nước, quyền lợi và nghĩa vụ của tổ chức, cá nhân theo quy định của pháp luật.
sự nghiệp, các đơn vị sự nghiệp được phân loại thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính bao gồm:
+ Đơn vị sự nghiệp có nguồn thu sự nghiệp tự đảm bảo toàn bộ chi phí hoạt động thường xuyên;
+ Đơn vị sự nghiệp có nguồn thu sự nghiệp tự đảm bảo một phần chi phí hoạt động thường xuyên, phần còn lại được NSNN cấp;
+ Đơn vị sự nghiệp có nguồn thu sự nghiệp thấp, đơn vị sự nghiệp không có nguồn thu, kinh phí hoạt động thường xuyên theo chức năng, nhiệm vụ do NSNN đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động.
Việc phân loại đơn vị sự nghiệp theo quy định trên được ổn định trong thời gian 3 năm. Sau thời hạn 3 năm sẽ xem xét và phân loại lại cho phù hợp.
- Điều kiện kiểm soát, thanh toán: Đã có Quyết định giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính; quyết định phân loại đơn vị sự nghiệp; mức NSNN bảo đảm thường xuyên của cơ quan có thẩm quyền cho đơn vị sự nghiệp thực hiện chế độ tự chủ (đối với đơn vị tự đảm bảo một phần chi phí hoạt động, đơn vị sự nghiệp được NSNN bảo đảm toàn bộ kinh phí hoạt động); đã có trong dự toán được cơ quan nhà nước có thẩm quyền giao; đã được thủ trưởng đơn vị hoặc người được uỷ quyền quyết định chi; đúng tiêu chuẩn, định mức, chế độ chi tiêu do cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc đơn vị quy định; có đầy đủ hồ sơ, chứng từ hợp pháp, hợp lệ theo quy định liên quan đến từng khoản chi, kể cả đối với các khoản chi thực hiện theo quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị; tài khoản tiền gửi, tài khoản dự toán của đơn vị sự nghiệp thực hiện chế độ tự chủ còn đủ số dư để thanh toán.
- Cấp phát kinh phí NSNN:
+ Đối với phần kinh phí NSNN cấp đảm bảo hoạt động thường xuyên (đối với những đơn vị đảm bảo một phần chi phí) cấp qua KBNN vào mục
134. Đơn vị thực hiện chi và kế toán, quyết toán theo các mục chi của MLNSNN tương ứng với từng nội dung chi.
+ Đối với các khoản kinh phí khác như kinh phí thực hiện nhiệm vụ theo đơn đặt hàng của Nhà nước; kinh phí đề tài nghiên cứu khoa học; chương trình mục tiêu quốc gia,.. quản lý cấp phát theo dự toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo các mục chi của MLNSNN hiện hành.
Cuối năm ngân sách, các khoản kinh phí NSNN cấp để đảm bảo hoạt động thường xuyên (đối với đơn vị tự đảm bảo một phần kinh phí) và các khoản thu sự nghiệp chưa sử dụng hết được chuyển sang năm sau để tiếp tục sử dụng. Đối với các khoản kinh phí nghiên cứu khoa học; kinh phí thực hiện nhiệm vụ của Nhà nước theo đơn đặt hàng; chương trình mục tiêu quốc gia; các nhiệm vụ đột xuất được giao; kinh phí thực hiện tinh giảm biên chế; vốn đầu tư XDCB; vốn đối ứng của NSNN và vốn viện trợ không được chuyển sang năm sau (trừ một số trường hợp đặc biệt).
- Về định mức chi: Căn cứ định mức, chế độ chi tiêu hiện hành, đơn vị chủ động xây dựng tiêu chuẩn, định mức và chế độ chi tiêu nội bộ để đảm bảo hoạt động thường xuyên cho phù hợp với hoạt động đặc thù của đơn vị, đảm bảo sử dụng kinh phí tiết kiệm và có hiệu quả.
Đối với các khoản chi hoạt động thường xuyên, tuỳ theo từng nội dung công việc, Thủ trưởng đơn vị quyết định mức chi cao hoặc thấp hơn mức chi do Nhà nước quy định nếu thấy cần thiết và có hiệu quả.
- Kiểm tra, kiểm soát hoạt động thu, chi qua KBNN: Đơn vị sự nghiệp mở tài khoản tại KBNN để phản ánh các khoản kinh phí thuộc NSNN; được mở tài khoản tiền gửi tại Ngân hàng hoặc KBNN để phản ánh các khoản thu, chi của hoạt động dịch vụ; cụ thể:
+ Đối với các khoản thu - chi sự nghiệp và kinh phí NSNN đảm bảo hoạt động thường xuyên (đối với những đơn vị đảm bảo một phần chi phí), thì việc
kiểm soát chi được căn cứ vào dự toán thu - chi được cấp có thẩm quyền phê duyệt (đối với năm đầu) hoặc dự toán thu - chi do đơn vị lập (đối với các năm được giao ổn định).
+ Đối với tiền lương, tiền công cho người lao động, thì việc kiểm tra, kiểm soát được căn cứ vào kết quả hoạt động sự nghiệp; báo cáo kết quả tài chính quý, năm; phương án chi trả tiền lương, tiền công của đơn vị.
+ Đối với các khoản kinh phí nghiên cứu khoa học; chương trình mục tiêu quốc gia; kinh phí thực hiện các nhiệm vụ của Nhà nước đặt hàng; các nhiệm vụ đột xuất được giao; kinh phí thực hiện tinh giảm biên chế; vốn đầu tư XDCB; vốn đối ứng của NSNN và vốn viện trợ, thì việc kiểm tra, kiểm soát được căn cứ vào dự toán hoặc đơn giá, định mức được cấp có thẩm quyền giao.