Để nâng cao chất lượng dự toán chi NSNN, thì cần phải tập trung giải quyết một số vấn đề sau:
Thứ nhất, xác lập yêu cầu, quy trình và lịch trình lập, duyệt, phân bổ
NSNN ở các cơ quan, đơn vị. Tất cả các cơ quan, đơn vị đều phải có trách nhiệm thực hiện nghiêm túc theo những yêu cầu và lịch trình đó. Dự toán chi NSNN là căn cứ pháp lý cao nhất để các cơ quan, đơn vị thực hiện chi tiêu và cũng là căn cứ để KBNN kiểm soát chi NSNN. Để quá trình kiểm soát chi NSNN được thuận lợi, thì việc lập, duyệt và phân bổ NSNN đến từng đơn vị thụ hưởng phải được thực hiện một cách đầy đủ, kịp thời, công khai, đảm bảo cho các đơn vị sử dụng NSNN có dự toán chi NSNN ngay từ những tháng đầu năm.
Thứ hai, tăng thời gian chuẩn bị ngân sách để có thể dành lượng thời
gian cần thiết cho việc các đơn vị sử dụng ngân sách chuẩn bị dự toán thu - chi NSNN chi tiết theo mục lục NSNN; thảo luận về ngân sách của các Bộ, ngành và các địa phương với Bộ Tài chính; thời gian để các cơ quan chức năng của Quốc hội thẩm tra, xem xét các vấn đề liên quan đến dự toán NSNN; thời gian nghiên cứu, thảo luận và quyết định, phê chuẩn của Quốc hội.
Thứ ba, dự toán chi NSNN phải được xây dựng từ cơ sở. Cụ thể, nó
phải đảm bảo vừa phản ánh được dự toán chi của từng chương trình, vừa phản ánh đầy đủ các nguồn vốn, mà không bị trùng lắp. Đồng thời, phải được xây dựng trên cơ sở phân tích, đánh giá hiệu quả của những khoản chi. Từng bước mở rộng số lượng mục chi thuộc diện phải lập dự toán chi tiết, thu hẹp dần những mục thuộc diện giao khoán. Tiến đến mọi khoản chi NSNN đều phải được xác định một cách chi tiết trước trong dự toán và đúng với chế độ, định mức, tiêu chuẩn của Nhà nước.
Thứ tư, dự toán kinh phí của các đơn vị phải được xây dựng căn cứ
nhiệm vụ, chức năng, khối lượng hàng hoá lao vụ cung cấp, chi phí cần thiết để thực hiện công việc, giá cả thị trường,.. Về phía cơ quan xét duyệt, phê chuẩn phải chuyển từ cách xét duyệt, phê chuẩn theo khả năng ngân sách sang xét duyệt theo nhu cầu và tiến độ thực hiện nhiệm vụ.