Thâng 5 năm 1552 Lí Trung Tông lại sai Thâi sư Trịnh Kiểm xuất quđn đânh Phúc Nguyín, Phúc Nguyín phải bỏ Kinh thănh rút về Kim Thănh. Lí Bâ Ly thấy thế Phúc Nguyín đê giảm dđng sớ xin đón Trung Tông về Đông Đô, nhưng Trịnh Kiểm lượng sức thấy chưa thể thắng nổi Phúc Nguyín nín không thuận theo lối băn của Lí Bâ Ly. Thắng được trận đânh song Trung Tông lại lui binh về Thanh Hoa. Phúc Nguyín chiếm lại Đông Đô nhưng vẫn đóng ở Bồ Đề vă sai Kính Điển đóng ở Yín Mô vă câc tướng khâc trấn giữ câc trấn: Sơn Nam, Sơn Tđy. Phúc Nguyín xuống chiếu cấm câc quan quđn ở mọi vùng không được nhiễu dđn nín trín dưới vẫn yín, kỷ cương lại đúng đắn. Thấy cõi bờ đê yín, năm 1555 Phúc Nguyín lại sai Mạc Kính Điển đem quđn văo Thanh Hoa tiếp tục đânh Trung Tông nhưng không thắng lại rút quđn về.
Năm 1557 Phúc Nguyín lại sai Mạc Kính Điển đânh Thanh Hoa, năm năy Lí Bâ Ly ốm chết, Thiệu Quốc công Nguyễn Thiến cũng chết, con trai lă Nguyễn Quyện, Nguyễn Miễn đem quđn về hăng Mạc. Mạc Tuyín Tông phong tước hầu cho hai anh em Nguyễn Quyín vă sai cùng đi đânh Lí Anh Tông.
Từ khi Lí Anh Tông lín ngôi, Trịnh Kiểm liín tiếp xuất quđn chống lại nhă Mạc suốt từ 1557-1564. Khi năy Mạc Phúc Nguyín uy thế có yếu hơn so với thế lực Lí – Trịnh, quđn Lí – Trịnh đê chiếm lại được nhiều vùng của nhă Mạc song vẫn chưa dâm văo kinh đô vì nhă Mạc có giảm về thế vă lực song chưa đến mức chỉ bị động đối phó mă nhiều phen Mạc Kính Điển xuất quđn đânh văo tận Thanh Hoa, có trận Mạc Phúc Nguyín thđn chính đốc xuất binh mê vă nhiều trận thắng lớn.
Trong khi chưa phđn thắng bại thì thâng 12 năm 1561, Mạc Phúc Nguyín bị bệnh đậu mùa vă qua đời, không rõ bao nhiíu tuổi. Ông được truy tôn lă Tuyín Tông Duệ hoăng đế, ở ngôi được 15 năm.
MẠC MẬU HỢP (1562-1592)
Do Mạc Tuyín Tông bị bệnh đậu mùa mất sớm, Mạc Mậu Hợp mới lín 2 tuổi đê được Khiím vương Mạc Kính Điển lă phụ chính đưa lín ngôi thâng 1 năm 1562. Lúc năy triều chính vẫn do hai ông chú lă Mạc Kính Điển vă Mạc Đôn Nhượng phụ tâ. Mậu Hợp lín ngôi lấy niín hiệu lă Thuần Phúc thứ nhất.