Thâng 12 năm Bính Ngọ, Chiíu Thống thứ nhất (1786), sau khi Nguyễn Hữu Chỉnh đânh tan quđn họ Trịnh, văo Thăng Long, Chiíu Thống bỉn bổ dụng Chỉnh lă Đại tư đồ, phong tước Bằng trung công. Chiíu Thống từ đấy dựa cả văo Hữu Chỉnh. Chỉnh nắm binh quyền, dần dần ĩp Chiíu Thống cả trong việc bổ nhiệm quan chức, sắp đặt chính sự. Chiíu Thống lại tìm câch giết Chỉnh, nhưng Vũ Trinh can ngăn, mới thôi. Chỉnh phong thanh biết chuyện, từ đó bỏ
luôn cả lễ triều yết. Tuy nhiín, Chỉnh vẫn giữ danh nghĩa tôn phù vua Lí. Sau đó, cùng bộ hạ lă Hoăng Viết Tuyển, Chỉnh lần lượt diệt câc thế lực chống đối nhă Lí ở Bắc Hă: Dương Trọng Khiím, Hoăng Phùng Cơ, Trịnh Bồng vă Đinh Tích Nhưỡng.
Thâng 11 năm Đinh Mùi, Chiíu Thống thứ nhất (1787). Quđn Tđy Sơn do Vũ Văn Nhậm chỉ huy tấn công Bắc Hă. Chiíu Thống sai Nguyễn Hữu Chỉnh đem quđn chống cự, nhưng trong trận đânh lớn trín sông Thanh Quyết, bị Văn Nhậm đânh tan. Hữu Chỉnh vă em lă Hữu Du chỉ kịp đem văi trăm quđn chạy về Thăng Long.
Thâng 12 năm đó, Văn Nhậm kĩo quđn tới Thăng Long, Chiíu Thống nghe lời Hữu Chỉnh, bỏ Thăng Long chạy đi Kinh Bắc. Lúc đi, thị vệ vă câc bầy tôi tản mât bỏ trốn hết. Vua lại phải cho người sang nhờ Hữu Chỉnh đi hộ giâ. Khi vua đến Kinh Bắc, trấn thủ lă Nguyễn Cảnh Thước, vốn đê bí mật đầu hăng Tđy Sơn, đóng cửa thănh câo bệnh không đón. Vua cùng Hữu Chỉnh qua đò sông Nguyệt Đức, đi theo chỉ còn sâu, bảy người, lại bị bọn vô lại cướp mất âo băo. Tình cảnh hết sức thí thảm. Khi Chiíu Thống tới huyện Yín Dũng mới được tri huyện huyện ấy giúp đỡ, xin hộ giâ, rồi dần dần khôi phục lại được lực lượng ở mạn Cao Bằng, Thâi Nguyín.
Sau đó, Nguyễn Văn Hòa, bộ tướng của Văn Nhậm, đuổi kịp quđn nhă Lí. Chiíu Thống thđn chinh cầm quđn ngự chiến, nhưng thua trận, Nguyễn Hữu Du chết tại trận, Nguyễn Hữu Chỉnh bị bắt giải về kinh, rồi bị Văn Nhậm xử tử, quđn nhă vua tan vỡ, Dương Đình Tuấn hộ vệ vua chạy sang trại Sơn Lộc. Câc bầy tôi khâc đều tan tâc hết.