Hệ thống cơ quan Tư pháp cơ sở (Phòng Tư pháp huyện, Ban Tư pháp xã) tổ chức chưa ổn định, nhiệm vụ ngày càng nặng nề, phần lớn phải kiêm nhiệm nhiều việc. Hiện nay, ở một số địa phương, Phòng Tư pháp mới thành lập lại (trước nhập vào Văn phòng Ủy ban nhân dân quận, huyện). Ban Tư pháp cấp xã phần lớn chỉ có một hoặc hai cán bộ chuyên trách công tác tư pháp đảm nhận nhiều việc (hộ tịch, phổ biến giáo dục pháp luật, hỗ trợ công tác thi hành án, chứng thực, tủ sách pháp luật, hòa giải và các công việc khác do Ủy ban nhân dân phân công), do đó không có điều kiện chuyên thực hiện các nhiệm vụ công tác hòa giải. Mặt khác, cán bộ tư pháp thường thay đổi, người mới được phân công nhiều khi lại không nắm vững kiến thức pháp luật, nghiệp vụ hòa giải và kinh nghiệm công tác hòa giải nên khó bắt nhịp để chỉ đạo công tác hòa giải.
Kinh phí dành cho công tác hòa giải ở cơ sở còn hạn chế, đặc biệt kinh phí dành cho việc bồi dưỡng, cung cấp thông tin cho tổ viên Tổ hòa giải. Tại Khoản 2, Điều 5 Nghị định số 160/CP quy định chi tiết một số điều của Pháp lệnh về tổ chức và hoạt động hòa giải ở cơ sở quy định: "Căn cứ tình hình cụ thể và khả năng ngân sách của địa phương, Ủy ban nhân dân các cấp tạo
sơ kết, tổng kết, thi đua, khen thưởng nhằm nâng cao hiệu quả hoạt động hòa giải ở địa phương" [19]. Trên thực tế, vì tình hình và khả năng kinh tế của từng địa phương không giống nhau, nên Nghị định đã quy định tạo cơ chế tương đối linh hoạt về hỗ trợ kinh phí cho hoạt động hòa giải ở cơ sở. Do đó, việc hỗ trợ kinh phí hoàn toàn phụ thuộc vào khả năng ngân sách của địa phương. Vì vậy, địa phương nào quan tâm đến công tác hòa giải thì mới tạo điều kiện về kinh phí vật chất cho công tác này và ngược lại... Để có cơ sở và tạo điều kiện cho các địa phương có nguồn kinh phí chi cho công tác hòa giải, ngày 05 tháng 8 năm 2005, Bộ Tài chính đã có Thông tư 63/2005/TT-BTC về hướng dẫn việc quản lý và sử dụng kinh phí bảo đảm cho công tác phổ biến, giáo dục pháp luật (trong đó có công tác hòa giải ở cơ sở) nhưng thực tế hiện nay ở nhiều địa phương còn lúng túng, chậm triển khai thực hiện. Nhiều địa phương vẫn chưa dành hoặc dành rất ít kinh phí cho công tác hòa giải ở cơ sở.
Thông tư số 63/2005/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn việc quản lý và sử dụng kinh phí bảo đảm cho công tác phổ biến, giáo dục pháp luật quy định mức chi 50.000 đồng - 100.000đồng 1vụ/1 Tổ hòa giải. Theo Thông tư, mức chi này được áp dụng cho một vụ hòa giải, chứ không nói rõ hòa giải có thành hay không. Đây là một quy định mở, có tính lựa chọn, hoàn toàn phụ thuộc vào khả năng ngân sách của địa phương. Cách quy định như vậy hình thành nên hai hướng giải quyết ở các địa phương. Có địa phương chi trả mức chi trên trong mọi trường hợp hòa giải thành hay không thành. Tuy nhiên, có địa phương quy định người hòa giải viên phải hòa giải thành mới được thù lao. Như vậy, không có sự thống nhất về mức chi trả thù lao cho hòa giải viên trong phạm vi toàn quốc.
Nguyên nhân của những tồn tại trên là:
- Một số quy định của pháp luật về tổ chức và hoạt động hòa giải chưa cụ thể, chưa điều chỉnh hết một số vấn đề liên quan đến công tác hòa giải phát sinh trong thực tiễn, chưa có văn bản chỉ đạo cụ thể việc kiện toàn tổ chức và
hoạt động hòa giải ở cơ sở. Một số quy định trong Pháp lệnh về tổ chức và hoạt động hòa giải ở cơ sở còn chung chung, chưa rõ ràng, cụ thể, chưa nêu rõ trách nhiệm của các tổ chức đoàn thể (Mặt trận Tổ quốc, Hội phụ nữ, Hội nông dân…), cũng như vai trò, trách nhiệm của Ủy ban nhân dân các cấp trong công tác hòa giải ở cơ sở…do vậy không có căn cứ pháp lý để giải quyết, như các quy định về mối quan hệ phối hợp giữa các cơ quan tư pháp với Mặt trận Tổ quốc các cấp trong việc bầu tổ viên Tổ hòa giải, trong việc thành lập Tổ hòa giải mới; các quy định về chế độ khen thưởng đối với những tổ chức và cá nhân có thành tích xuất sắc trong công tác hòa giải ở cơ sở…;
- Các cấp chính quyền chưa thật sự quan tâm đến công tác hòa giải ở cơ sở, vẫn coi công tác hòa giải là của ai đó, không phải là trách nhiệm của mình, coi nhẹ công tác hòa giải, chưa tạo điều kiện về cơ sở, vật chất, kinh phí cho Tổ hòa giải hoạt động;
- Sự nhận thức của các cấp, ngành, các tổ chức chính trị - xã hội về vai trò của công tác hòa giải ở cơ sở chưa thực sự đồng đều. Do đó, sự phối hợp giữa các ban, ngành, đoàn thể các cấp trong quản lý, chỉ đạo, hướng dẫn hoạt động hòa giải chưa được chặt chẽ;
- Các cơ quan tư pháp được giao nhiệm vụ quản lý, chỉ đạo, hướng dẫn hoạt động hòa giải ở cơ sở còn chưa thực sự quan tâm, chỉ đạo, hướng dẫn một cách thường xuyên, kịp thời.
Chương 3