Hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về hòa giải ở cơ sở chưa thực sự đầy đủ và đồng bộ. Bên cạnh Pháp lệnh về tổ chức và hoạt động hòa giải ở cơ sở; hiện nay một số luật, pháp lệnh chuyên ngành cũng có các quy định liên quan đến hòa giải ở cơ sở với cách thức tổ chức, hoạt động hòa giải có những điểm khác với quy định của Pháp lệnh về tổ chức và hoạt động hòa giải ở cơ sở, ví dụ như Luật Đất đai. Điều 135 Luật Đất đai năm 2003 quy định về hòa giải tranh chấp đất đai như sau:
1. Nhà nước khuyến khích các bên tranh chấp đất đai tự hòa giải hoặc giải quyết tranh chấp đất đai thông qua hòa giải ở cơ sở.
2. Tranh chấp đất đai mà các bên tranh chấp không hòa giải được thì gửi đơn đến Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn nơi có đất tranh chấp. Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn có trách nhiệm phối hợp với Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các tổ chức thành viên của Mặt trận, các tổ chức xã hội khác để hòa giải tranh chấp đất đai. Thời hạn hòa giải là ba mươi ngày làm việc, kể từ ngày Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn nhận được đơn. Kết quả hòa giải tranh chấp đất đai phải được lập thành biên bản có chữ ký của các bên tranh chấp và xác nhận của Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn nơi có đất. Trường hợp kết quả hòa giải khác với hiện trạng sử dụng đất thì Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn chuyển kết quả hòa giải đến cơ quan nhà nước có thẩm quyền để giải quyết theo quy định về quản lý đất đai [31].
Theo quy định tại Điều 135 của Luật Đất đai năm 2003 thì các bên tranh chấp đất đai tự hòa giải hoặc giải quyết tranh chấp đất đai thông qua hòa giải ở cơ sở. Khi không hòa giải được thì Ủy ban nhân dân xã, phường, thị
trấn nơi có đất tranh chấp có trách nhiệm phối hợp với Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các tổ chức thành viên của Mặt trận, các tổ chức xã hội khác để hòa giải tranh chấp đất đai trên cơ sở đơn của các bên tranh chấp. Kết quả hòa giải tranh chấp đất đai phải được lập thành biên bản có chữ ký của các bên tranh chấp và xác nhận của Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn nơi có đất.
Việc hòa giải và lập biên bản trong quá trình hòa giải là thủ tục của pháp luật quy định, là nhiệm vụ của Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn trong quản lý nhà nước về đất đai. Trong khi đó, tại khoản 2 Điều 13 Pháp lệnh về tổ chức và hoạt động hòa giải ở cơ sở quy định: "Trong trường hợp các bên có yêu cầu hoặc được các bên đồng ý, việc hòa giải được tổ viên Tổ hòa giải lập biên bản" [37]. Như vậy, tổ viên Tổ hòa giải chỉ được lập biên bản khi các bên có yêu cầu hoặc được các bên đồng ý. Nếu không được các bên đồng ý thì việc tổ viên Tổ hòa giải không được tự ý lập biên bản. Như vậy đã dẫn đến sự không thống nhất, đồng bộ trong việc quy định các vấn đề liên quan đến hòa giải ở cơ sở.