Viện kiểm sát nhân dân tối cao cũng thụ lý giải quyết các vụ án do Toà án nhân dân tối cao chuyển sang. Đó là các vụ án Toà án nhân dân tối cao kháng nghị giám đốc thẩm, chuyển hồ sơ sang Viện kiểm sát để thực hiện chức năng thực hành quyền công tố, kiểm sát xét xử đối với các vụ án này. Viện kiểm sát nhân dân tối cao, trực tiếp là Vụ THQCT và KSXXHS phải trực tiếp nghiên cứu hồ sơ vụ án, từ đó đưa ra quan điểm giải quyết, hoặc nhất trí với kháng nghị của Toà án nhân dân tối cao, hoặc không nhất trí. Sau đó, hồ sơ vụ án được trả lại Toà án nhân dân tối cao để tiến hành việc xét xử. Có một số vụ án Toà án nhân dân tối cao thụ lý giải quyết theo thủ tục giám đốc
thẩm, song qua quá trình nghiên cứu vụ án, thấy có vướng mắc, khó khăn, cần trao đổi quan điểm với Viện kiểm sát nhân dân tối cao, nên Toà án nhân dân tối cao, trực tiếp là Toà hình sự, chuyển hồ sơ và văn bản đề nghị trao đổi sang Viện kiểm sát nhân dân tối cao nghiên cứu, trao đổi quan điểm giải quyết. Số vụ án Toà án nhân dân tối cao chuyển Viện kiểm sát nhân dân tối cao năm 2007 là 47 vụ, năm 2008 là 24 vụ và năm 2009 là 47 vụ, năm 2010 là 35 vụ, năm 2011 là 35 vụ. Các vụ án này thường được ưu tiên giải quyết hết trong năm, vì trong đó đa số là các vụ án do Toà án nhân dân tối cao kháng nghị và Viện kiểm sát cần nghiên cứu, có quan điểm về kháng nghị của Toà án, trước khi Toà án tiến hành xét xử giám đốc thẩm.