Chính quyền cấp tỉnh gồm: tỉnh và thành phố trực thuộc trung ương. Bộ máy chính quyền cấp tỉnh gồm: HĐND và UBND cấp tỉnh.
HĐND và UBND được thiết lập ở tất cả các đơn vị hành chính tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. UBND là cơ quan làm việc theo chế độ tập thể kết hợp với chế độ trách nhiệm cá nhân cũng bộc lộ nhiều hạn chế của nó, đặc biệt là chế độ trách nhiệm giữa tập thể và cá nhân Chủ tịch UBND, do vậy đã có ý kiến cho rằng cần phải chuyển thể chế này thành cơ quan một thủ trưởng theo chế độ thủ trưởng hành chính. (Chủ tịch UBND chuyển thành Tỉnh trưởng, các Phó tỉnh trưởng giúp việc cho tỉnh trưởng, tỉnh trưởng và các Phó tỉnh trưởng không tạo thành một cơ quan tập thể; tỉnh trưởng do các cử tri của địa phương trực tiếp bầu ra). Chế độ thủ trưởng chỉ có thể mang lại hiệu quả và bảo đảm hoạt động đúng đắn trong môi trường xã hội dân chủ, có cơ chế kiểm tra, kiếm soát đến mức có sự "kiềm chế và cân bằng quyền lực" giữa các bộ phận cấu thành quyền lực nhà nước. Ở nước ta hiện nay nền dân chủ xã hội phát triển ở trình độ còn thấp. Chế độ thủ trưởng dễ dẫn đến tình trạng chuyên quyền độc đoán vì vậy cần phải có cơ chế hạn chế tình trạng này bằng việc thiết lập một HĐND mạnh có khả năng giám sát và kiềm chế hoạt động của tỉnh trưởng đồng thời phải phát huy thế mạnh của cơ chế tài phán hành chính.
HĐND tỉnh được xác định là cơ quan đại diện của nhân dân địa phương, do nhân dân địa phương bầu ra và có thể vị bãi nhiệm theo các tiêu chí. Do vậy, cần nghiên cứu để bỏ quy định về thẩm quyền của Ủy ban thường vụ Quốc hội giải tán HĐND cấp tỉnh khi cơ quan này gây thiệt hại nghiêm trọng cho nhân dân địa phương. Là cơ quan đại diện của cộng đồng dân cư, chức năng chính của HĐND là thay mặt nhân dân địa phương để quản lý mọi mặt đời sống địa phương, có thể được trao thẩm quyền ban hành các văn bản quy phạm pháp luật (văn bản pháp luật này có ý nghĩa địa phương,
không được trái với các quy định của trung ương và phải phù hợp với thực tiễn ở địa phương).
Về thẩm quyền ban hành văn bản quy phạm pháp luật, cần quan niệm rằng đây là hình thức pháp lý để HĐND thực hiện thẩm quyền của mình là quyết định chủ trương phát triển địa phương và triển khai các nhiệm vụ chung của quốc gia.
Hình thức hoạt động chính của HĐND vẫn là kỳ họp và Luật nên quy định số lượng tối thiểu kỳ họp bắt buộc phải được tiến hành.
Thể chế hành chính tỉnh là cơ quan thường trực thực hiện các nghị quyết của HĐND và tổ chức thực hiện pháp luật trên địa bàn địa phương; với quan điểm xây dựng một "Hội đồng mạnh", Thường trực HĐND và các Ban và Văn phòng của HĐND phải được củng cố, tăng cường thêm về nhân lực, nguồn lực để đảm bảo thực hiện được chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của mình. HĐND sẽ tập trung vào chức năng quản lý địa phương bằng việc ra các nghị quyết và tăng cường vai trò giám sát của HĐND. Tổ chức HĐND tỉnh cần có Quy chế tổ chức và hoạt động riêng cho HĐND vùng đồng bằng, trung du và miền núi riêng; tỉnh đang phát triển và phát triển. Trung ương sẽ ban hành quy chế tổ chức chung, về hoạt động các địa phương tự ban hành quy chế và có sự phê duyệt của trung ương. Ở một số lĩnh vực cần để chính quyền địa phương quy định tùy nghi như: tổ chức bộ máy giúp việc, lề lối công tác…
UBND là cơ quan chấp hành và hành chính của HĐND cần phải tăng cường cơ quan nhà nước ở địa phương theo chế độ tản quyền như thuế, hải quan, thống kê … để thực hiện quản lý nhà nước ở địa phương và đảm bảo sự thống nhất quản lý ở một số lĩnh vực nhất định. Xác định rõ vị trí, chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan chuyên môn của UBND cấp tỉnh, tránh chồng chéo, mâu thuẫn.
Cần xác định vị thế của các cơ quan chuyên môn của UBND tỉnh, Điều 128 của Luật 2003 đã quy định: các cơ quan chuyên môn thuộc UBND là cơ quan tham mưu, giúp UBND cùng cấp thực hiện chức năng quản lý nhà nước ở địa phương và thực hiện một số nhiệm vụ, quyền hạn theo sự ủy quyền của UBND cùng cấp và theo quy định của pháp luật; góp phần đảm bảo sự thống nhất quản lý của ngành hoặc lĩnh vực công tác từ trung ương đến cơ sở. Như vậy, cơ quan chuyên môn có 2 vai trò: một là cơ quan tham mưu, giúp việc cho UBND, hai là cơ quan thực hiện chức năng quản lý nhà nước trên địa bàn địa phương theo sự phân cấp của pháp luật và cơ quan cấp trên theo ngành dọc. Hiện nay, 2 tư cách này không rõ ràng, trực thuộc chiều ngang mạnh hơn chiều dọc. Để khắc phục tình trạng này cần phân biệt cơ quan chuyên môn "nội thuộc" và "ngoại thuộc". Cơ quan chuyên môn nội thuộc là những cơ quan chuyên môn do UBND thành lập để làm công tác tham mưu, giúp UBND thực hiện quản lý; còn cơ quan chuyên môn ngoại thuộc là cơ quan chuyên môn trực thuộc cấp trên đóng trên địa bàn địa phương để thực hiện những công việc nhà nước ở địa phương. Đối với cơ quan nội thuộc cần trao cho HĐND và UBND cấp tỉnh quyết định việc thành lập, sáp nhập, giải thể tùy thuộc nhu cầu thực tiễn ở địa phương; còn các cơ quan ngoại thuộc được thành lập theo quy định của pháp luật.
Hiện nay, tình trạng các văn bản quy phạm pháp luật và áp dụng pháp luật của bộ máy chính quyền tỉnh còn xuất hiện nhiều sai phạm, xâm phạm đến quyền và lợi ích hợp pháp của tổ chức và công dân ở địa phương do vậy cần xem xét lại quy định của pháp luật về quyền đình chỉ, bãi bỏ, tạm dừng thực hiện các văn bản do HĐND và UBND ban hành bởi các thể chế cấp trên. Đặc biệt cần tăng cường thiết chế tài phán hành chính ở địa phương cũng như ở trung ương để người dân có thể bảo vệ được quyền và lợi ích hợp pháp của mình khi bị những quyết định của chính quyền địa phương xâm phạm trái luật.