Một hạn chế nữa là TPHCM cũng chưa phát triển vận tải hàng hóa bằng ựường hàng không, thiếu ựội bay ựể vận tải hàng hóa yêu cầu phải rất nhanh như thực phẩm tươi sống, rau quả, thủy hải sản; rồi hạ tầng ựường bộ cũng chưa hoàn chỉnh; hệ thống ựường sắt chưa kết nối ựược nhiều với các cảng biển, các khu kinh tế, khu công nghiệpẦ Chắnh vì vậy mà việc kết nối khai thác vận tải ựa phương thức trong chuỗi dịch vụ logistics tại nước ta còn rất hạn chế. đường hàng không hiện nay cũng không ựủ phương tiện chở hàng (máy bay) cho việc vận chuyển vào mùa cao ựiểm. Sân bay Tân Sơn Nhất ựón ựược các máy bay chở hàng quốc tế nhưng vẫn chưa có nhà ga hàng hóa chuyên trách, khu vực hoạt ựộng cho ựại lý logistics thực hiện gom hàng và khai quan như các nước trong khu vực ựang làm. Hiện tại, các công ty cung cấp dịch vụ logistics vẫn phải thuê những khu vực xung quanh sân bay ựể làm văn phòng hoặc kho trước khi xử lý hành hóa ựưa vào sân baỵ Trong khi ựó, các tổ chức dịch vụ mặt ựất của hàng không, công ty liên doanh TCS làm việc thiếu trách nhiệm, ựộc quyền nên giá họ ựưa ra như thế nào doanh nghiệp cũng phải chấp nhận. Hiệp hội giao nhận kho vận Việt Nam muốn có kho ở ựó cho các doanh nghiệp thuận lợi hơn trong hoạt ựộng nhưng ựến nay vẫn chưa giải quyết ựược. Cho nên cần có chắnh sách ựể phá bỏ thế ựộc quyền này
Với cơ sở hạ tầng như vậy, khối lượng chuyên chở của sân bay Tân Sơn Nhất chiếm 89% lượng hàng hóa quốc tế xuất nhập khẩu nhưng không ựáp ứng ựược nhu cầu chuyên chở bằng ựường hàng không dự kiến tăng 14% mỗi năm và ựến năm 2010 ước ựạt 576.000. Do vậy, luôn xảy ra tình trạng ách tắc hàng hóa vào mùa cao ựiểm. để ựáp ứng nhu cầu vận chuyển hàng hóa và hành khách, ựến năm 2015 Việt Nam cần phát triển 18 sân bay nội ựịa và 6 sân bay quốc tế với chi phắ ước tắnh khoảng 7,2 tỷ USD.