Để xác định được chủ thể của tính độc lập của toà án, ở khía cạnh thiết chế và cá nhân, vấn đề không thể thiếu là toà án phải có hành chính nội bộ riêng.
Trước hết, hệ thống toà án như một thể thống nhất
Hệ thống toà án với tư cách là một thể thống nhất được giao chức năng xét xử các tranh chấp giữa người dân với nhau, hoặc giữa người dân với các cơ quan nhà nước. Đương nhiên là có nhiều cách thức để giải quyết tranh chấp khác nhau, đặc biệt khi tranh chấp không mang bản chất hình sự, và các bên trong tranh chấp có thể không chọn toà án là cơ quan phân xử đầu tiên. Họ có thể gặp gỡ nhau để thoả thuận về một biện pháp giải quyết được chấp nhận bởi cả hai bên; hay họ có thể yêu cầu một bên thứ ba, ví dụ như trọng tài hoặc hoà giải viên để giúp họ giải quyết tranh chấp. Những cách thức này thường được ưa chuộng vì đỡ tốn kém. Chính quyền cũng thường khuyến khích cách giải quyết này mỗi khi có thể. Tuy nhiên khi cách thức giải quyết bằng con đường nhà nước được lựa chọn thì chính toà án là cơ quan nhà nước được giao quyền xét xử vụ việc. Phán quyết của toà án đối với vụ việc được bảo đảm bằng sự cưỡng chế của nhà nước. Điều này chính là đặc trưng của hoạt động xét xử của toà án.
Chức năng xét xử chính là yếu tố phân biệt giữa hệ thống toà án với hai nhánh quyền lực: lập pháp và hành pháp. Trong một cấu trúc nhà nước, ba
nhánh quyền lực này luôn luôn có tác động qua lại lẫn nhau. Hai nhánh quyền lực sau thường có quyền lực đủ mạnh để áp đặt những ảnh hưởng không tốt lên hệ thống toà án, ví dụ như quyền tái tổ chức lại hệ thống toà án, phân bổ lại thẩm quyền của toà, và quyết định ngân sách của toà án… . Bởi vậy, lý luận về tính độc lập của toà án phải quan tâm trước tiên tới khả năng miễn dịch của cả hệ thống toà án đối với những ảnh hưởng không tốt có thể đến từ cơ quan lập pháp hoặc hành pháp.
Thứ hai, hệ thống toà án với tư cách là tập hợp của các nhân viên nhà nước cùng phục vụ một chức năng.
Từ khía cạnh nhân lực, hệ thống toà án bao gồm nhiều loại nhân viên nhà nước. Họ là những thẩm phán chuyên nghiệp, những hội thẩm nhân dân, hoặc thẩm phán danh dự (ở các nước theo hệ thông luật dân sự), đoàn bồi thẩm (ở các nước theo hệ thống luật Anh - Mỹ), thư ký toà án và nhân viên văn phòng hay nhân viên thừa phát (thuật ngữ sử dụng ở Mỹ và các nước theo hệ thống luật Anh - Mỹ). Tất cả những người này đều đóng góp vào quá trình thực thi chức năng của toà án. Tuy nhiên, vai trò của họ là khác nhau. Thư ký toà án xử lý các công việc hành chính như tiếp nhận đơn, tài liệu, giữ sổ sách thống kê của toà, nhưng họ hoàn toàn không tham gia vào quá trình quyết định của thẩm phán. Nhân viên văn phòng hay nhân viên thừa phát gửi các văn bản giấy tờ từ toà. Công việc của họ không liên quan gì tới việc trực tiếp xem xét các vụ kiện. Bồi thẩm đoàn bao gồm những người không bắt buộc phải có kiến thức về pháp luật, ngồi trong phiên xử một vụ việc để quyết định về những tình tiết của vụ việc. Họ có quyền quyết định những vấn đề liên quan tới có tội hoặc không có tội trong vụ việc hình sự hoặc liên quan tới bên thắng kiện hoặc thua kiện trong vụ việc dân sự, nhưng họ không quyết định tới các vấn đề pháp luật của vụ việc. Công việc của họ kết thúc khi vụ việc được xử
xong.. Vì vậy, sự độc lập của họ về mặt pháp lý là đương nhiên và do đó họ cũng không được xem xét đến trong lý thuyết về tính độc lập của toà án.
Ngược lại, thẩm phán luôn đóng vai trò trung tâm trong quy trình xét xử, họ là người quyết định cuối cùng việc áp dụng pháp luật vào vụ việc, họ quyết định hình phạt trong các vụ hình sự và các lợi ích vật chất hoặc tinh thần mà bên thắng kiện dân sự được hưởng. Công việc của thẩm phán chính là sự nghiệp của họ. Và cùng với các vụ việc được họ xét xử, chức năng của toà án cũng được thực hiện xong. Cùng với lý do đó, cách thức mà thẩm phán thực hiện hoạt động xét xử của mình sẽ có ảnh hưởng quyết định tới cách thức hệ thống toà án thực hiện chức năng của nó. Chính vì vậy mà lý thuyết về tính độc lập của toà án cần phải xem xét không chỉ là tính độc lập của toàn bộ hệ thống toà án như một thể thống nhất mà còn phải xem xét tính độc lập của cá nhân các thẩm phán, mà cụ thể là các thẩm phán chuyên nghiệp.
Thứ ba, hệ thống toà án với ý nghĩa là một hệ thống xét xử nhiều cấp. Hệ thống toà án ở bất kỳ nước nào cũng đều là một hệ thống xét xử bao gồm các toà án được thành lập ở nhiều cấp xét xử khác nhau và có thẩm quyền xét xử khác nhau. Một thực tế phổ biến là các hệ thống toà án quốc gia, dù là theo mô hình liên bang hay nhất thể đều được chia theo chiều dọc thành hai cấp: sơ thẩm và phúc thẩm. Về khía cạnh thẩm quyền, hệ thống toà án quốc gia thường có thẩm quyền xét xử tất cả các việc tranh chấp và khiếu nại trong xã hội. Thẩm quyền xét xử đó do quá rộng nên nhiều khi được chia theo chiều ngang thành những hệ thống toà án chuyên ngành khác nhau như toà hình sự, dân sự, hành chính, kinh tế, lao động…. Điều quan trọng về cơ cấu tổ chức theo cấp bậc của các hệ thống toà án quốc gia - và điều này sẽ ảnh hưởng tới lý thuyết về tính độc lập của toà án là ở chỗ các hệ thống toà chuyên ngành luôn được tách riêng ở cấp xét xử sơ thẩm nhất, ở cấp xét xử
này luôn có một loại toà án thẩm quyền chung xử lý các vụ việc dân sự có giá trị nhỏ và các vụ việc hình sự ít nghiêm trọng.
Nhìn chung, do đặc điểm của các toà án và các thẩm phán ở các cấp xét xử khác nhau của một hệ thống toà án quá khác nhau về mặt thẩm quyền nên các tiêu chuẩn về tính độc lập của toà án có thể được áp dụng khác nhau giữa các toà và thẩm phán đó trên cơ sở phù hợp với những đặc điểm riêng của họ. Vì các thẩm phán khi xét xử phải quyết định đến những vấn đề đúng hay sai, thắng hay thua mà qua đó có ảnh hưởng quan trọng tới các bên có liên quan, nên một điều tất nhiên là các bên có liên quan luôn có xu hướng gây ảnh hưởng lên thẩm phán dưới bất kỳ hình thức nào có thể. Và khả năng những sự tác động xấu ảnh hưởng tới hệ thống toà án nói chung và thẩm phán nói riêng là rất lớn bởi vì các bên có lợi ích liên quan tới quá trình xét xử, đặc biệt là các cơ quan lập pháp và hành pháp hoàn toàn có năng lực làm được điều đó. Và một khi những ảnh hưởng từ phía các cơ quan lập pháp hoặc hành pháp xuất hiện và tạo áp lực thành công lên hệ thống toà án thì sẽ rất có hại cho nguyên tắc Nhà nước pháp quyền và bảo vệ quyền con người. Tính độc lập của toà án, vì vậy, chủ yếu có nghĩa là địa vị mà toà án có được để bảo vệ nó khỏi bất kỳ nguồn ảnh hưởng nào tác động hoặc có thể tác động một cách tiêu cực lên quá trình ra quyết định của toà án, để từ đó thẩm phán có thể ra phán quyết đối với một vụ việc chỉ dựa trên những tình tiết thực tế của sự việc và pháp luật áp dụng cho vụ việc đó. Chỉ khi có hành chính nội bộ riêng như đã phân tích trên đây thì mới bảo đảm được tính độc lập của toà án trong hoạt động xét xử.