Không thể phủ nhận được ưu điểm nổi bật khi áp dụng mô hình “Viện nghiên cứu trong lòng doanh nghiệp” là: Thứ nhất, các công trình nghiên cứu của Viện đều xuất phát từ yêu cầu khách quan của thực tế sản xuất của doanh nghiệp và được kiểm nghiệm ngay trong và sau khi có kết quả nghiên cứu. Thứ hai, các công trình nghiên cứu đều được tổ chức, thiết kế, dự toán và xây dựng luận chứng kinh tế - kỹ thuật triển khai thực hiện. Có nghĩa là các công trình nghiên cứu do Viện thực hiện có tính thực tiễn và khả thi cao.
Các doanh nghiệp Nhật Bản đều có chính sách bồi dưỡng và động viên nhân viên của mình tham gia học tập nâng cao trình độ. Nhờ có hệ thống tuyển dụng và hợp đồng lao động khuyến khích người lao động gắn bó với công ty, các công ty luôn sẵn sàng tài trợ kinh phí cho nhân viên của mình đi học. Chế độ học tập, chế độ khuyến khích bằng vật chất và phi vật chất khác đã giúp các công ty giữ được người ở lại làm việc cho mình. Hệ thống nghiên cứu tư nhân phát triển ở Nhật Bản cũng thu hút nhiều lao động có trình độ cao làm việc lâu dài và phát huy tài năng. Cơ chế nhiều nhóm nghiên cứu theo cùng một chủ đề trong các tập đoàn lớn có các cơ sở nghiên cứu quy mô cũng tạo cơ hội cho các tài năng trẻ phát huy tính sáng tạo của mình.
Chính phủ Nhật có cơ chế miễn thuế cho các chi phí nghiên cứu trong khu vực tư nhân và tín dụng thúc đẩy công nghệ. Chính phủ Nhật cũng có các chính sách khuyến khích và hỗ trợ cho các cơ sở tư nhân làm nghiên cứu KHCN. Việc trao đổi nghiên cứu giữa khu vực tư nhân, các trường đại học và các cơ quan chính phủ được tiến hành liên tục. Trong giai đoạn 1960 - 1970, khi các cơ sở tư nhân còn quá yếu, sự trao đổi này đã góp phần tăng cường năng lực của các cơ sở công
nghiệp Nhật Bản thông qua các hoạt động của chương trình nghiên cứu và phát triển quốc gia do bộ Công thương thực hiện. Khi hoạt động nghiên cứu của khu vực tư nhân đã ổn định và có đủ năng lực để nghiên cứu thì việc hợp tác được chuyển sang theo hướng hỗ trợ các cơ sở công nghiệp mới, giúp tạo ra các doanh nghiệp tiên phong trên các lĩnh vực khoa học mới.
Trong các doanh nghiệp Nhật Bản, nhất là ngành chế tạo, bộ phận R&D đặc biệt được coi trọng. Bộ phận này được gọi bằng nhiều tên khác nhau tùy vào cơ cấu tổ chức của mỗi doanh nghiệp, ví dụ như phòng nghiên cứu, phòng phát triển sản phẩm, trung tâm nghiên cứu, trung tâm phát triển, trung tâm R&D, viện nghiên cứu,...Doanh nghiệp có cạnh tranh được trên thị trường quốc tế về giá cả hay không là hoàn toàn phụ thuộc vào việc phát triển KHCN, phát triển sản phẩm mới - công việc do bộ phận R&D trong doanh nghiệp phụ trách. Người ta cho rằng, bộ phận R&D mang lại doanh thu, lợi nhuận, sự tăng trưởng cho doanh nghiệp. Nó được cho là nguồn gốc của tăng trưởng và được ví là cỗ máy, là động cơ của việc phát triển doanh nghiệp. Do vậy, việc tìm kiếm những con người và những địa điểm phát minh những ý tưởng sáng tạo trở thành chiến lược R&D của mỗi doanh nghiệp. Các nhà điều hành thông minh đang tổ chức các trung tâm R&D của họ để tận dụng không chỉ các nhà khoa học thông minh mà còn cả các cách tiếp cận vốn, các liên minh hợp tác, bán hàng, các tài năng marketing, các cơ quan Chính phủ và tất cả những yếu tố cần thiết để biến một ý tưởng thành một sản phẩm có lợi nhuận. Thông thường người ta cho rằng, bộ phận nghiên cứu phát triển của doanh nghiệp làm việc có hiệu quả là khi họ nghiên cứu ra được sản phảm mới, đưa sản phẩm ra thị trường, được người tiêu dùng đón nhận và thu hồi được khoản tiền lớn hơn khoản tiền đã bỏ ra đầu tư.