Điều 18, Phần V của Hiệp định năm 1995 quy định về nghĩa vụ của quốc gia mà tàu cá mang cờ. Nghĩa vụ quan trọng của quốc gia mà tàu cá mang cờ là đảm bảo rằng tàu cá mang cờ nước mình phải tuân thủ các biện pháp quản lý và bảo tồn đàn cá lưỡng cư và di cư xa của cơ quan quản lý nguồn lợi thuỷ sản khu vực và không làm suy giảm hiệu quả của các biện pháp này. Để đảm bảo được điều đó, quốc gia mà tàu cá mang cờ chỉ cho phép sử dụng tàu cá treo cờ của mình để đánh bắt thuỷ sản tại biển cả khi quốc gia đó có thể đảm nhận trách nhiệm đối với những tàu cá này theo quy định của Công ước năm 1982 và Hiệp định năm 1995. Khoản 3, Điều 18 của Hiệp định quy định các quốc gia áp dụng những biện pháp chủ yếu sau đây đối với tàu cá mang cờ của mình:
(1) Kiểm tra đăng ký tàu cá, giấy phép khai thác thủy sản của tàu cá trên biển cả theo những thủ tục áp dụng ở cấp độ toàn cầu và khu vực, tiểu khu vực.
(2) Xây dựng văn bản dưới luật về:
- Điều kiện đăng ký tàu cá, cấp giấy phép khai thác thuỷ sản để đảm bảo tuân thủ đầy đủ thủ tục trong phạm vi toàn cầu, khu vực hay tiểu khu vực của quốc gia mà tàu cá mang cờ;
- Cấm các tàu cá khai thác thủy sản ở biển cả mà không có giấy đăng ký tàu cá hay giấy phép khai thác thuỷ sản theo quy định, hoặc tàu cá sử dụng các hình thức khai thác thuỷ sản khác so với nội dung ghi trong giấy phép khai thác thuỷ sản;
- Yêu cầu tàu cá khai thác thuỷ sản ở biển cả phải xuất trình giấy đăng ký tàu cá, giấy phép khai thác thuỷ sản khi người có thẩm quyền yêu cầu;
- Đảm bảo các tàu cá mang cờ của quốc gia mình không tiến hành khai thác thủy sản trái phép tại các khu vực thuộc quyền tài phán của quốc gia khác.
(3) Lập sổ đăng ký quốc gia về tàu cá được phép khai thác thuỷ sản ở biển cả và cho phép các quốc gia liên quan tiếp cận thông tin trong sổ đăng ký khi có yêu cầu. Việc cung cấp thông tin cần căn cứ vào pháp luật của quốc gia mà tàu cá mang cờ.
(4) Quy định về đánh dấu tàu cá và ngư cụ nhằm xác định chủng loại theo một hệ thống đồng bộ được quốc tế thừa nhận.
(5) Xây dựng những quy định về ghi nhật ký khai thác và báo cáo kịp thời vị trí tàu cá, các loài chủ yếu và không chủ yếu, cường lực khai thác và các số liệu nghề cá khác tuân theo tiêu chuẩn toàn cầu, khu vực hay tiểu khu vực.
(6) Xây dựng những quy định về kiểm tra sản lượng khai thác các loài chủ yếu và không chủ yếu thông qua chương trình quan sát, kế hoạch thanh tra, báo cáo cập cảng, theo dõi việc sang mạn tàu cá khác và kiểm tra sản lượng cá tại cảng cá và chợ cá.
(7) Kiểm tra, kiểm soát và theo dõi hoạt động khai thác thuỷ sản và các hoạt động khác của tàu cá thông qua:
- Tiến hành thanh tra trong phạm vi quốc gia, khu vực hay tiểu khu vực, yêu cầu các tàu cá để thanh tra viên có thẩm quyền từ các quốc gia khác tiếp cận tàu cá;
- Thực hiện chương trình quan sát quốc gia, khu vực hay tiểu khu vực mà quốc gia của tàu cá mang cờ là thành viên;
- Việc phát triển và thực hiện hệ thống kiểm tra tàu cá bao gồm cả hệ thống truyền dữ liệu qua vệ tinh theo bất cứ chương trình quốc gia nào được thống nhất trên phạm vi toàn cầu, khu vực hay tiểu khu vực.
(8) Quy định về hoạt động khai thác thuỷ sản bảo đảm tuân thủ các biện pháp nhằm giảm thiểu sản lượng khai thác thủy sản quá mức.