Phần VI (từ Điều 19 đến Điều 23) xác định việc tuân thủ và thực thi là phần quan trọng nhất trong quá trình đàm phán về Hiệp định. Đặc biệt, có nhiều tranh cãi khi đàm phán về Điều 21 do điều khoản này quy định về thủ tục lên tàu và thanh tra khi ở ngoài khơi. Khó khăn ở đây chính là làm thế nào để tạo ra sự cân bằng giữa các quyền và nghĩa vụ của các quốc gia mà tàu mang cờ đã được quy định và tính hiệu quả của việc lên tàu và thanh tra khi ở ngoài khơi do các quốc gia khác thực hiện.
Khoản 1, Điều 19, Hiệp định năm 1995 quy định việc thực thi các biện pháp quản lý và bảo tồn thông qua việc kiểm tra, giám sát, kiểm soát một cách có hiệu quả thông qua giấy phép khai thác thuỷ sản, nhật ký khai thác, giám sát ven bờ…
Phạm vi và áp dụng quy định này: đối với các đàn cá lưỡng cư và di cư xa do các Tổ chức quản lý nghề cá khu vực quy định. Tất cả các tàu cá của các thành viên Hiệp định năm 1995, bất kể có phải là thành viên của Tổ chức quản lý nghề cá khu vực hay không, sẽ phải cho phép một nước thành viên lên tàu và thanh tra tàu của các nước thành viên khác. Việc thực thi nhằm xử lý các vi
phạm đối với các quy định của Công ước năm 1982 và các biện pháp quản lý và bảo tồn đã được cộng đồng quốc tế công nhận.
Hiệp định năm 1995 đưa ra tiến trình thực thi từng bước, bắt đầu bằng việc lên tàu cá và thanh tra nhằm kiểm tra việc tuân thủ các biện pháp đã được quốc tế áp dụng; nếu phát hiện có vi phạm nghiêm trọng, cần phải giữ bằng chứng và thông báo cho quốc gia mà tàu cá mang cờ biết; tuỳ thuộc vào phản hồi của quốc gia mà tàu cá mang cờ, cán bộ thực thi có thể tiếp tục hoặc không tiếp tục công tác điều tra và dẫn độ tàu về cảng.
Việc xây dựng trình tự lên tàu và thanh tra nhằm ngăn chặn, phát hiện và xử lý các vi phạm về các biện pháp quản lý và bảo tồn được quy định bởi các Tổ chức quản lý nghề cá khu vực trong khi vẫn đảm bảo quyền và lợi ích chính đáng của các quốc gia mà tàu cá và ngư dân mang cờ.