Nội dung này được quy định ở Phần II của Hiệp định (Từ Điều 5 - Điều 7). Hiệp định bắt buộc các quốc gia ven biển và những quốc gia tiến hành hoạt động khai thác thuỷ sản ở biển cả tôn trọng 12 nguyên tắc chung, đó là:
(1) áp dụng những biện pháp nhằm đảm bảo tính bền vững lâu dài và khuyến khích việc sử dụng tối ưu đàn cá lưỡng cư và di cư xa. Quản lý nghề cá phải có mục đích, cụ thể:
- Xây dựng những mục đích cụ thể và rõ ràng; - Thiết lập những chỉ số thực hiện;
(2) Bảo đảm rằng những biện pháp ban hành được căn cứ vào những chứng cứ khoa học tốt nhất thông qua việc thu thập và nghiên cứu số liệu.
(3) áp dụng cách tiếp cận thận trọng như nêu trong Phụ lục II của Hiệp định năm 1995.
(4) Đánh giá tác động của nghề cá và hoạt động khác của con người và những yếu tố môi trường đối với những đàn cá thuộc cùng hệ sinh thái.
(5) Thông qua cách tiếp cận hệ sinh thái, khi cần thiết có thể đánh giá tác động của việc khai thác thuỷ sản tới hệ sinh thái hoặc tác động của hệ sinh thái tới tình trạng của đàn cá.
(6) áp dụng đầy đủ các biện pháp nhằm giảm thiểu ô nhiễm, chất thải, chất lắng và lượng cá tạp (sản phẩm đánh bắt phụ), khuyến khích sử dụng các loại ngư cụ khai thác có chọn lọc, an toàn với môi trường.
(7) Bảo vệ sự đa dạng sinh học của môi trường biển.
(8) Thực thi các biện pháp nhằm ngăn chặn việc khai thác quá mức và loại bỏ việc đánh bắt vượt năng lực.
(9) Xem xét tới lợi ích của nghề cá quy mô nhỏ và nghề cá mưu sinh. (10) Thu thập và chia sẻ thông tin kịp thời, đầy đủ và chính xác số liệu về những hoạt động đánh bắt.
(11) Khuyến khích và tiến hành nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ phù hợp phục vụ cho việc bảo tồn và quản lý nguồn lợi thuỷ sản.
(12) Thực hiện và thực thi những biện pháp bảo tồn và quản lý thông qua giám sát, kiểm tra và theo dõi như: quy định về giấy phép khai thác thủy sản, về nhật ký khai thác thuỷ sản, giám sát bờ biển, hệ thống giám sát tàu cá (VMS), các quan sát viên trên biển, việc thực thi trên biển, sử dụng công nghệ mới (máy quay camera, hệ thống báo cáo điện tử…).
Nội dung các Điều 5, 6 và 7 của Hiệp định như nêu trên đã làm cho Hiệp định năm 1995 được xem là văn kiện pháp lý quan trọng nhất trong lĩnh vực quản lý nghề cá kể từ khi Công ước năm 1982 được thông qua, bởi vì các điều
khoản này đã đưa ra và xác nhận các nguyên tắc chỉ đạo chủ yếu cho công tác quản lý nghề cá, không chỉ đối với đàn cá lưỡng cư và di cư xa, mà còn với cả các đàn cá khác.