Hệ thống tổ chức của Kiểm toán Nhà nước được quy định tại Điều 21 Luật Kiểm toán nhà nước, cụ thể là: Kiểm toán Nhà nước được tổ chức và quản lý tập trung thống nhất, bao gồm bộ máy điều hành, Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành, Kiểm toán Nhà nước khu vực và các đơn vị sự nghiệp. Cơ cấu tổ chức của Kiểm toán Nhà nước do Uỷ ban Thường vụ Quốc hội quy định; Tổng Kiểm toán Nhà nước quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị trực thuộc Kiểm toán Nhà nước; số lượng Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành và Kiểm toán Nhà nước khu vực trong từng thời kỳ được xác định trên cơ sở yêu cầu nhiệm vụ do Tổng Kiểm toán Nhà nước trình Uỷ ban Thường vụ Quốc hội quyết định.
- Bộ máy điều hành gồm lãnh đạo KTNN, các đơn vị tham mưu: Văn phòng Kiểm toán Nhà nước, Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Tổng hợp, Vụ Chếđộ và kiểm soát chất lượng kiểm toán, Vụ Pháp chế và Vụ Quan hệ quốc tế.
- Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành, gồm: Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành I, Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành II, Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành III, Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành IV, Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành V, Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành VI, KTNN chuyên ngành VII.
- Kiểm toán Nhà nước khu vực, gồm: Kiểm toán Nhà nước khu vực I
đóng tại thành phố Hà Nội, Kiểm toán Nhà nước khu vực II đóng tại thành phố
Vinh- Nghệ An, Kiểm toán Nhà nước khu vực III đóng tại thành phốĐà Nẵng, Kiểm toán Nhà nước khu vực IV đóng tại thành phố Hồ Chí Minh, Kiểm toán Nhà nước khu vực V đóng tại thành phố Cần Thơ, Kiểm toán Nhà nước khu vực VI đóng tại Quảng Ninh, Kiểm toán Nhà nước khu vực VII đóng tại thành
36
phố Yên Bái, Kiểm toán Nhà nước khu vực VIII đóng tại thành phố Nha Trang, KTNN khu vực IX đóng tại thành phố Mỹ Tho.
- Các đơn vị sự nghiệp, gồm: Trung tâm Khoa học và bồi dưỡng cán bộ, Trung tâm Tin học và Tạp chí kiểm toán.