Muốn đào tạo có chất lượng thì trước tiên phải đưa ra được các mục tiêu xác đáng. Chất lượng đào tạo của một cơ sở GDĐH được xác định thông qua việc đạt được mục tiêu và quá trình đào tạo phải hướng vào mục tiêu đó mà tiến hành. Để có được mục tiêu đào tạo phù hợp, đáp ứng đòi hỏi của xã hội, nhà trường phải có một quy trình khoa học để xác định mục tiêu và mục tiêu đó trước hết phải là cụ thể hóa mục tiêu chung về đào tạo con người, đào tạo NNL có chất lượng, phục vụ các yêu cầu phát triển kinh tế-xã hội của đất nước và nâng cao chất lượng cuộc sống của người học. Mục tiêu được xác định trên cơ sở “chuẩn đầu ra”, bao gồm các kiến thức, kỹ năng, thái độ tương ứng với ngành nghề, trình độ đào tạo. Mặc dù mục tiêu chỉ là những yêu cầu tổng quát, mang tính định hướng, nhưng với cơ sở đào tạo, nó không phải chỉ được xác định một lần (ví dụ khi thành lập trường, khi mở ngành đào tạo) để rồi dùng mãi, mà phải được định kỳ cập nhật, xem xét, đánh giá, điều chỉnh.
Từ mục tiêu sẽ lựa chọn nội dung đào tạo, thể hiện thông qua chương trình đào tạo. Việc lựa chọn này phải đảm bảo phù hợp với mục tiêu, với thời lượng và điều kiện lĩnh hội, được phân bổ hợp lý và logic. Trong hai yếu tố mục tiêu và chương trình đào tạo thì chương trình là yếu tố có ảnh hưởng trực tiếp và dễ thấy nhất đến chất lượng đào tạo. Vì vậy, trong một số trường hợp, khi đánh giá chất lượng đào tạo của một ngành, một trường, người ta thường tập trung vào đánh giá chương trình đào tạo mà ít quan tâm đến đánh giá mục tiêu. Điều này rõ ràng là không đầy đủ. Trong Bộ tiêu chuẩn đánh giá chất lượng và các điều kiện đảm bảo chất lượng do Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành, tiêu chuẩn 1 là sứ mạng và mục tiêu của trường ĐH, sau đó mới là các tiêu chuẩn khác.
Phương pháp đào tạo (bao gồm phương pháp dạy và học, phương pháp kiểm tra và đánh giá) là một chân kiềng quan trọng trọng bộ ba mục tiêu-nội dung (chương trình)-phương pháp. Thực tế cho thấy năng lực của SVTN (cũng là chất lượng của sản phẩm đào tạo) phụ thuộc rất nhiều vào phương pháp đào tạo, trong đó yêu cầu cơ bản là hướng vào phát triển năng lực tư duy và kỹ năng thực hành của người học. Khi đạt được các yêu cầu đó, sản phẩm đào tạo mới có chất lượng, mới đáp ứng được yêu cầu của người sử dụng lao động.