Do dự toán ngân sách được áp đặt từ Ban giám đốc xuống các phòng ban, các đơn vị trực thuộc và các công ty thành viên nên dễ gây bất bình của các bộ phận trong doanh nghiệp.
Công tác dự toán ngân sách trong công ty chưa được quan tâm và đánh giá đúng mực, quan điểm của nhà quản trị công ty còn coi nhẹ dự toán ngân sách. Việc lập dự toán ngân sách hiện nay của công ty mang nặng tính áp đặt từ trên xuống. Các phòng ban khi lập dự toán ngân sách phải bám sát vào mục tiêu đã được giao. Việc này khiến cho các đơn vị lập dự toán ngân sách chỉ lo bám sát vào mục tiêu mà bỏ qua các mục tiêu quan trọng khác trong công ty như mở rộng thị trường tiêu thụ, khẳng định vị thế công ty trên thị trường.
Dự toán ngân sách của công ty chưa thực hiện tốt chức năng hoạch định và kiểm soát. Ngay trong quá trình hoạch định đã không chính xác nên không thể dựa vào dự toán ngân sách để kiểm soát được.
Dự toán ngân sách do nhà quản lý cấp cao ấn định sẽ quá cao hoặc quá thấp so với mức độ hoạt động và năng lực thực tế của các đơn vị trực thuộc, do đó không những không khuyến khích các bộ phận phấn đấu tăng năng suất mà còn tạo tâm lý không thoải mái khi thực hiện kế hoạch.
Còn trong trường hợp muốn dự toán sát với thực tế đòi hỏi nhà quản lý phải có cái nhìn tổng quát toàn diện về mọi hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp và các yếu tố ngoại vi như chính sách thuế xuất nhập khẩu, những thay đổi chính trị,… ảnh hưởng đến kết quả kinh doanh của doanh nghiệp. Điều này vượt quá khả năng của Ban lãnh đạo công ty.