Cơ cấu tổ chức quản trị là tổng hợp các bộ phận khác nhau có mối liên hệ và quan hệ phụ thuộc lẫn nhau, được chuyên môn hóa, được giao những trách nhiệm, quyền hạn nhất định và được bố trí theo từng cấp nhằm thực hiện các chức năng quản trị doanh nghiệp.
Giữa cơ cấu tổ chức quản trị và cơ cấu sản xuất của doanh nghiệp có mối quan hệ chặt chẽ, hữu cơ với nhau. Cơ sở của cơ cấu tổ chức quản trị trước hết là bản thân cơ cấu sản xuất của doanh nghiệp. Đây cũng là mối quan hệ giữa chủ thể và đối tượng quản lý.
Tuy nhiên, cơ cấu tổ chức quản trị có tính độc lập tương đối vì nó phải phản ánh được lao động quản lý rất đa dạng. Phải bảo đảm thực hiện những chức năng quản trị phức tạp nhằm thực hiện mục tiêu quản trị đã quy định.
Cơ cấu tổ chức quản trị doanh nghiệp hình thành bởi các bộ phận quản trị và các cấp quản trị.
Bộ phận quản trị là một đơn vị riêng biệt có những chức năng quản lý nhất định.
Chẳng hạn, phòng kế hoạch, phòng kiểm tra kỹ thuật, phòng marketing…
Cấp quản trị là sự thống nhất tất cả các bộ phận quản trị ở một trình độ nhất định
như cấp doanh nghiệp, cấp phân xưởng…
Như vậy, rõ ràng là số bộ phận quản trị phản ánh sự phân chia chức năng quản trị theo chiều ngang, còn số cấp quản trị thể hiện sự phân chia chức năng quản trị theo chiều dọc. Sự phân chia theo chiều ngang là biểu hiện của trình độ chuyên môn hóa trong phân công lao động quản trị. Còn sự phân chia chức năng theo chiều dọc tùy thuộc vào trình độ tập trung chính trị và có liên quan đến vấn đề chỉ huy trực tuyến và hệ thống cấp bậc.