Bên cạnh những thành tựu đạt được, quá trình triển khai Luật Tài nguyên nước 2012 cũng bộc lộ một số tồn tại, hạn chế. Theo đánh giá của UBND tỉnh Sơn La, Luật TNN 2012 và các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn thi hành chưa cĩ hướng dẫn về quy trình, trình tự giải quyết tranh chấp TNN. Do đĩ, UBND các cấp gặp nhiều khĩ khăn trong thực hiện, nhất là ở cấp xã. Mặt khác, quá trình cơng nghiệp hĩa, đơ thị hĩa diễn ra nhanh làm phát sinh nhiều vấn đề mới chưa cĩ luật định. Điều này gây khĩ khăn cho nhiệm vụ bảo vệ TNN.
Cịn theo UBND tỉnh Bình Thuận, cần sớm ban hành Luật sửa đổi, bổ sung Luật TNN và các văn bản hướng dẫn thi hành, đảm bảo khơng chồng chéo chức năng, nhiệm vụ giữa các ngành, các cấp và đồng bộ, phù hợp với các quy định pháp luật hiện hành.
Đồng quan điểm, UBND tỉnh Đắk Lắk kiến nghị Bộ TN&MT sớm sửa đổi, bổ sung các quy định liên quan đến nhiệm vụ lập quy hoạch TNN cấp tỉnh phù hợp với Luật Quy hoạch năm 2017; các quy định về cấp phép xả thải ra mơi trường phù hợp với Luật Bảo vệ mơi trường năm 2020 và tích hợp vấn đề biến đổi khí hậu vào việc sửa đổi, bổ sung Luật TNN năm 2012; nghiên cứu xây dựng cơ chế phối
hợp để tăng cường sự hợp tác giữa các ngành và địa phương trong cơng tác quản lý TNN; hỗ trợ cơng tác điều tra cơ bản cũng như quy họach tổng hợp TNN nội tỉnh, liên tỉnh, liên quốc gia; hồn thiện mạng lưới trạm quan trắc, giám sát TNN; xây dựng cơ sở dữ liệu TNN; thiết lập hệ thống thơng tin, quản lý, giám sát khai thác, sử dụng TNN đồng bộ, thống nhất từ trung ương đến địa phương.