Hiện nay, mặc dù quy trình nghiệp vụ tín dụng và hướng dẫn thẩm định dự án đầu tư đã được ban hành làm cơ sở cho việc thẩm định thống nhất trong toàn hệ thống NHNT nhưng việc tổ chức thực hiện còn chưa tốt.
Quy trình nghiệp vụ tín dụng còn một số quy định khá chung chung, chưa cụ thể nên khi thực hiện còn chưa thống nhất. Bản hướng dẫn nội dung thẩm định dự án đầu tư được lập đã khá lâu, chưa được cập nhật cho phù hợp với tình hình mới. Nội dung thẩm định về phương diện thị trường chưa tính đến yếu tố sản phẩm thay thế. Nhiều chỉ tiêu tính toán chưa phù hợp: như tỷ lệ doanh thu, lợi nhuận trên tổng tài sản hoặc vốn chủ sở hữu nên được tính là tỷ lệ doanh thu, lợi nhuận trên giá trị trung bình của tổng tài sản hoặc vốn chủ sở hữu để cho đúng tính chất giá trị thời gian (thời kỳ) chứ không phải giá trị thời điểm như hiện nay; thời gian thu hồi vốn đầu tư cần tính đến yếu tố thời gian của tiền chứ không nên tính theo phương pháp giản đơn; lịch trả nợ cần tính toán trên cơ sở dòng tiền thực tế chứ không nên áp lịch trả nợ đều cho tất cả các năm hoạt động…
Hoạt động kiểm tra, giám sát việc thực hiện các quy trình trên còn chưa được thực hiện thường xuyên mà chỉ mới kết hợp khi kiểm tra chất lượng tín dụng chi nhánh.
Ngân hàng cũng chưa phát động mạnh mẽ phong trào nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực thẩm định, chưa có kế hoạch đúc rút kinh nghiệm, tổng kết các kết quả, các chỉ tiêu, định mức qua các dự án đã được thẩm định.