Khoản 1 Điều 76 Hiến pháp Nhật Bản quy định: “Tồn bộ quyền tư pháp thuộc về Tịa án tối cao và các tòa án cấp dưới được thành lập theo luật”.
Hệ thống Tịa án Nhật Bản gồm có: Tịa án tối cao, các tòa án cấp cao, các tòa án khu vực (kể cả các tịa án gia đình) và các tịa án giản lược.
Tòa án tối cao Nhật Bản là cơ quan xét xử cao nhất của Nhật Bản, có 15 thẩm phán (kể cả Chánh án) và các cán bộ cơng chức tịa án khác. Chánh án Tòa án tối cao có địa vị ngang Thủ tướng, các thẩm phán Tịa án tối cao có địa vị ngang Bộ trưởng. Ngồi thẩm quyền xét xử, Tịa án tối cao cịn có thẩm quyền ban hành quy chế và quản lý tòa án, Tòa án tối cao độc lập quản lý hành chính tư pháp, kể cả quản lý tổ chức, cán bộ Tòa án.
Khoản 2 Điều 6 Hiến pháp Nhật Bản quy định: Nhật Hồng bổ nhiệm Chánh án Tịa án tối cao, các thẩm phán Tòa án tối cao theo chỉ định của Nội các. Điều 80 Hiến pháp Nhật Bản quy định: Các thẩm phán Tòa án cấp dưới do Nội các bổ nhiệm theo lựa chọn từ danh sách những người được Tòa án tối cao giới thiệu.
Các thẩm phán phụ được bổ nhiệm trong số những người đã thi đỗ Kỳ thi tư pháp quốc gia được tổ chức mỗi năm một lần và sau đó tơt nghiệp chương trình đào tạo 18 tháng ở Viện nghiên cứu và đào tạo pháp lý thuộc Tịa án tối cao. Các thẩm phán phụ có thẩm quyền xét xử với tư cách là một thành viên hội đồng xét xử gồm 3 người (một mình thẩm phán phụ khơng có quyền xét xử vụ án).
Theo quy định của pháp luật, ứng cử viên để bổ nhiệm thẩm phán Tòa án cấp cao, tịa án khu vực, tịa án gia đình phải là người có ít nhất 9 năm kinh nghiệm cơng tác pháp luật với tư cách là thẩm phán phụ, công tố viên hoặc luật sư hành nghề. Để trở thành thẩm phán Tịa án tối cao thì trước hết phải là thẩm phán Tòa án cấp cao, Tịa án khu vực, Tịa án gia đình hoặc cơng tố viên hoặc luật sư hành nghề (yêu cầu này được áp dụng đối với ít nhất là 10 thẩm phán Tòa án tối cao, còn 5 thẩm phán tịa án tối cao cịn lại thì khơng cần thiết phải như vậy). Để được bổ nhiệm làm thẩm phán giản lược thì chỉ cần 3 năm kinh nghiệm làm công tác pháp luật với tư cách là thẩm phán phụ, công tố viên hoặc luật sư hành nghề.
Địa vị của thẩm phán được Hiến pháp bảo hộ. Thẩm phán chỉ bị bãi nhiệm thông qua việc bãi nhiệm công khai, trừ trường hợp thẩm phán bị tun bố là khơng có năng lực về thể chất hoặc khơng có năng lực hành vi để đảm nhiệm chức vụ. Tuy nhiên, để đảm bảo việc thẩm phán phải là những người có năng lực và xứng đáng với địa vị cao, pháp luật quy định các biện pháp sau đây:
- Việc bãi nhiệm thẩm phán phải do Tòa án bãi nhiệm thực hiện gồm 14 thành viên Nghị viện (nếu thẩm phán có những hành vi nghiêm trọng).
- Việc bổ nhiệm thẩm phán Tòa án tối cao được xem xét lại trong cuộc bầu cử Hạ nghị viện lần thứ nhất sau khi bổ nhiệm và trong lần trưng cầu ý dân định kỳ 10 năm. Thẩm phán Tòa án tối cao bị bãi nhiệm nếu đa số phiếu khơng tín nhiệm thẩm phán đó.
- Thẩm phán Tịa án tối cao và thẩm phán Tòa án giản lược nghỉ hưu nếu đa đủ 70 tuổi; thẩm phán Tòa án cấp cao, tịa án khu vực, Tịa án gia đình nghỉ hưu nếu đã đủ 65 tuổi.
- Việc áp dụng biện pháp kỷ luật thẩm phán do Tòa án cấp cao hoặc tòa án tối cao tiến hành.
Để đào tạo, bồi dưỡng các chức danh tư pháp, Nhật Bản có Viện nghiên cứu và đào tạo pháp lý thuộc Tịa án tối cao. Viện có nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng thẩm phán, cơng tố viên và luật sư theo một hệ thống thống nhất.