Trong giai đoạn 2006 - 2009, kinh tế thành phố cũng chịu ảnh hưởng của cuộc khủng hoảng tài chính quốc tế năm 2008 – 2009, nên tốc độ tăng trưởng kinh tế của thành phố giảm sút so với giai đoạn 2001 - 2005, thêm vào đó, tỷ lệ phân chia các khoản thu ngân sách nhà nước trên địa bàn cho ngân sách thành phố đã giảm từ 29% của giai đoạn 2004 – 2006 còn 24% trong giai đoạn 2007 – 2010, nhưng chính quyền thành phố đã có nhiều giải pháp tích cực trong việc chỉ
đạo cơ quan thu như: tăng cường công tác kiểm tra, thanh tra thuế, đẩy mạnh công tác thu thuế tồn đọng của các năm trước và hạn chế số thuế động …nên kết quả thu NSNN ln đạt và vượt dự tốn ngân sách với tỷ lệ khá cao, từ đó đáp ứng nhu cầu tăng chi của thành phố. Kết quả chi ngân sách thành phố theo phụ lục số 01 đính kèm.
Chi ngân sách thành phố từ năm 2006 đến năm 2009 đều vượt dự toán ngân sách hàng năm, năm 2006: 21.633 tỷ đồng, vượt 45,97 % dự toán; năm 2007: 25.640 tỷ đồng, vượt 63,20% dự toán; năm 2008: 34.200 tỷ đồng, vượt 83,92% dự toán; năm 2009: 35.105 tỷ đồng, vượt 60,31% dự toán. Nếu khơng tính các khoản thu để lại quản lý qua ngân sách nhà nước (ghi thu ghi chi) vì khơng ghi vào dự toán, chi cân đối ngân sách cũng vượt dự toán hàng năm, năm 2006: 18.211 tỷ đồng, vượt 22,89% dự toán; năm 2007: 23.274 tỷ đồng, vượt 48,14% dự toán; năm 2008: 29.869 tỷ đồng, vượt 68,04% dự toán; năm 2009: 30.935 tỷ đồng, vượt 41,27% dự toán.
Chi đầu tư phát triển của thành phố vượt dự toán và tăng dần qua các năm, năm 2006: 6.718 tỷ đồng, năm 2007: 8.005 tỷ đồng, năm 2008: 13.228 tỷ đồng, năm 2009: 18.306 tỷ đồng.
Chi thường xuyên (bao gồm cả chi từ số chuyển nguồn năm trước sang) về tổng thể năm 2006, 2009 khơng vượt dự tốn; năm 2007 vượt 3,47% do sử dụng nguồn tăng thu để bổ sung cho các nhiệm vụ chi quốc phòng an ninh, sự nghiệp giáo dục, sự nghiệp y tế, sự nghiệp xã hội, sự nghiệp kinh tế; năm 2008 vượt 17,56% do sử dụng nguồn tăng thu để bổ sung cho các nhiệm vụ chi quốc phòng an ninh, sự nghiệp giáo dục, sự nghiệp y tế, sự nghiệp xã hội, sự nghiệp kinh tế, trợ giá mặt hàng chính sách.