Việc khóa sổ kế tốn cuối năm, xử lý số dư dự toán, số dư tạm ứng, tồn quỹ tiền mặt và tiền gửi, chỉnh lý quyết toán ngân sách đã được các đơn vị sử dụng
ngân sách, Kho bạc Nhà nước, Sở Tài chính thực hiện theo quy định. Báo cáo quyết toán thu, chi NSNN hàng năm được tổng hợp từ báo cáo quyết toán ngân sách của 24 quận, huyện và báo cáo quyết toán của các đơn vị dự toán cấp I trực thuộc ngân sách thành phố. Tuy nhiên, thời gian lập, duyệt, thẩm định báo cáo quyết tốn ngân sách cịn chậm so với quy định (như quyết toán ngân sách quận, huyện năm 2009 được thẩm định chậm 49 ngày), chưa chuyển nộp các khoản thu có nguồn gốc ngân sách theo dõi trên các tài khoản tiền gửi vào ngân sách kịp thời (năm 2006 là 1.713 tỷ đồng, năm 2009 là 56 tỷ đồng), chậm thu hồi các khoản tạm ứng ngân sách (tạm ứng năm 2006 là 2.398 tỷ đồng, tạm ứng năm 2008 là 2.538 tỷ đồng, tạm ứng năm 2009 là 5.123 tỷ đồng), chưa kiểm tra đầy đủ các khoản thu, chi sự nghiệp, thu dịch vụ của các đơn vị. Phương pháp xác định các chỉ tiêu quyết toán thu, chi chưa đồng nhất giữa các cấp ngân sách, gây khó khăn cho cơng tác tổng hợp lập báo cáo quyết tốn NSNN và kiểm tra, kiểm soát của các cơ quan chức năng.
Kiểm toán Nhà nước đã thực hiện kiểm toán ngân sách thành phố vào năm 2007 (kiểm toán ngân sách năm 2006) và năm 2009 (kiểm toán ngân sách năm 2008). Qua đó, việc quản lý, điều hành chi ngân sách của thành phố có những tồn tại, hạn chế chủ yếu như sau:
- Về chi đầu tư xây dựng cơ bản:
+ Bố trí vốn kế hoạch khơng đúng quy định (dự án được duyệt sau thời điểm 31/10 trước năm kế hoạch, một số dự án không đủ điều kiện ghi kế hoạch vốn, nhưng vẫn được bố trí kế hoạch vốn).
+ Thời gian lập, phê duyệt báo cáo quyết tốn dự án cịn chậm. Một số dự án có chênh lệch lớn giữa giá trị quyết tốn và kiểm toán, phải giảm quyết toán từ 5% đến 12,8%.
+ Lập và giao dự tốn ngân sách khơng đầy đủ, các khoản chi từ nguồn thu để lại đơn vị chi quản lý qua NSNN, hàng năm phát sinh ổn định trên 2.000 tỷ đồng nhưng chưa được đưa vào dự toán.
+ Tạm ứng nhiều năm chậm được xử lý, trong khi ngân sách địa phương phải đi vay, dẫn đến việc sử dụng ngân sách kém hiệu quả.
+ Chi hỗ trợ cho các đơn vị ngành dọc, hỗ trợ các địa phương khác không thuộc nhiệm vụ chi của địa phương (năm 2006 là 132 tỷ đồng). Nhiều chế độ chi không phù hợp với quy định chung như chi phụ cấp, chi bồi dưỡng hội họp...
+ Việc mua sắm tài sản của một số đơn vị không thực hiện đấu thầu theo đúng quy định, xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ cịn mang tính hình thức, sơ sài, hiệu quả thực hiện còn thấp. Sử dụng kinh phí khơng được giao tự chủ (kinh phí ngồi khốn) để chi cho các nội dung thuộc kinh phí tự chủ (kinh phí khốn).
+ Việc ký, thanh tốn hợp đồng th bao dịch vụ cơng ích về vệ sinh đường phố, thốt nước, chăm sóc cơng viên cây xanh cịn sai sót về khối lượng, đơn giá; việc nghiệm thu mang tính thủ tục, chưa thực hiện đầy đủ trên thực tế.
- Kiểm toán Nhà nước kiến nghị về tài chính như sau:
+ Các khoản thu phải nộp ngân sách nhà nước: năm 2006: 904 tỷ đồng, năm 2008: 1.062 tỷ đồng.
+ Thu hồi các khoản chi sai: năm 2006: 90 tỷ đồng, năm 2008: 109 tỷ đồng. + Chuyển quyết toán năm sau: 3,6 tỷ đồng, năm 2008: 14 tỷ đồng.
+ Giảm giá trúng thầu, giảm giá trị hợp đồng: năm 2008: 548 triệu đồng. + Hạch toán thu ngân sách khoản vay đầu tư xây dựng cơ bản (theo khoản 3 Điều 8 Luật NSNN): năm 2006: 300 tỷ đồng.
+ Chuyển nộp Quỹ hỗ trợ, sắp xếp doanh nghiệp: năm 2006: 172 tỷ đồng. + Chuyển nộp vào ngân sách: năm 2008: 56 tỷ đồng.