Tăng cường công tác kiểm sốt tồn bộ q trình ngân sách theo hướng phân định cụ thể, minh bạch trách nhiệm kiểm soát của cơ quan tài chính, cơ quan kho bạc, đơn vị sử dụng ngân sách và cơ quan kiểm tốn nhà nước.
Cơ quan tài chính chịu trách nhiệm về quản lý ngân sách và tài chính nhà nước, tổng hợp và phân bổ dự toán, giám sát chấp hành và quyết toán. Cơ quan kho bạc nhà nước kiểm soát, thanh toán trực tiếp các khoản chi ngân sách. Cơ quan tài chính (thanh tra tài chính) chỉ thực hiện sự kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm hoặc kiểm tra theo chuyên đề, nhằm nâng cao hiệu quả công tác quản lý chi ngân sách. Các đơn vị sử dụng ngân sách cũng không phải chịu sự kiểm tra trùng lắp như hiện nay.
Thành lập ban kiểm soát nội bộ bao gồm đại diện lãnh đạo cơ quan, đại diện các đoàn thể, ban thanh tra nhân dân. Ban này phải xây dựng kế hoạch kiểm tra tài chính của đơn vị hàng quý, năm hoặc kiểm tra đột xuất một số nội dung cụ thể theo yêu cầu của thủ trưởng đơn vị như kiểm kê tiền mặt, tài sản, vật tư, hàng hóa, kiểm tra việc tổ chức thu sự nghiệp, thu dịch vụ. Kiểm tra thông qua chế độ lập và gửi báo cáo hàng ngày (báo cáo thu chi tiền mặt trong ngày, kiểm kê tiền
mặt hàng ngày), báo cáo tháng (báo cáo tình hình sử dụng các nguồn kinh phí hoạt động, báo cáo tình hình thu sự nghiệp, thu dịch vụ). Kiểm tra thơng qua việc cơng khai tài chính hàng tháng, quý, năm.
Thủ trưởng đơn vị tự kiểm tra thơng qua việc kiểm tra tính hợp pháp của chứng từ kế toán trước khi ký; đọc và xử lý các sai phạm thông qua biên bản kiểm tra của Ban kiểm soát nội bộ, báo cáo kiểm toán của kiểm toán độc lập và kiểm toán nhà nước, biên bản thẩm tra quyết toán của cơ quan chủ quản và cơ quan tài chính. Kiểm sốt thơng qua việc kiểm tra tính chính xác của các số liệu trên các mẫu biểu của báo cáo tài chính và các báo cáo định kỳ theo quy định của đơn vị.
Cơ quan kiểm toán nhà nước với địa vị pháp lý được khẳng định trong Luật kiểm toán nhà nước: “Kiểm toán nhà nước là cơ quan chun mơn về lĩnh vực kiểm tra tài chính nhà nước do Quốc hội thành lập, hoạt động độc lập và chỉ tuân thủ pháp luật”, Kiểm toán nhà nước ngày càng thể hiện vai trò quan trọng, một kênh thơng tin độc lập, giúp cho q trình giám sát ngân sách của Quốc hội và HĐND có hiệu lực, hiệu quả. Ngồi hai loại hình kiểm tốn truyền thống là: kiểm tốn báo cáo tài chính và kiểm toán tuân thủ, Luật kiểm toán đã nhấn mạnh đến kiểm tốn hoạt động, là loại hình kiểm tốn để kiểm tra, đánh giá tính kinh tế, hiệu lực và hiệu quả trong quản lý sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước. Cơ quan kiểm toán nhà nước cần nâng cao năng lực và mở rộng bộ máy để tổ chức thực hiện loại hình kiểm tốn này. Đảm bảo mỗi đơn vị sử dụng ngân sách được kiểm tốn ít nhất hai năm một lần.