Ngân sách thành phố vừa là một cấp ngân sách địa phương tương tự như cấp tỉnh vừa là một cấp ngân sách địa phương đặc thù, do bản chất kinh tế - xã hội của các khoản thu phát sinh trên địa bàn, nên việc phân cấp cần phải tính đến những mục tiêu sau:
Một là, tối ưu hóa lợi ích khoản chi đối với cộng đồng cư dân đô thị và công dân đang lưu trú (bao gồm khách vãng lai).
Nguyên tắc quan trọng trong phân cấp chi tiêu ngân sách là giao nhiệm vụ chi tiêu cho cấp chính quyền nào đem lại lợi ích lớn nhất cho những cơng dân của cấp đó cũng như những công dân đang lưu trú, tạo điều kiện để mọi cấp có thể cung ứng các dịch vụ công nhanh nhất và dễ dàng nhất. Cần xác định rõ ràng và minh bạch về trách nhiệm chi tiêu trong Luật NSNN đối với mỗi cấp chính quyền. Đối với những nhiệm vụ chi được chia sẻ giữa nhiều cấp, cần được dựa vào các căn cứ mang tính khoa học để xác định ranh giới nhiệm vụ chi của mỗi cấp chính quyền, khắc phục tình trạng lồng ghép các khoản chi của nhiều cấp ngân sách cho cùng một mục đích, đối tượng thụ hưởng làm cho hiệu quả khoản chi giảm sút, đồng thời tăng cường trách nhiệm quản lý chi ở mỗi cấp ngân sách.
Nguyên tắc này đòi hỏi, một khoản chi thuộc một cấp ngân sách hay một hoạt động chương trình, mục tiêu do một cấp ngân sách đài thọ; xóa bỏ việc lồng ghép một mục tiêu chi tiêu vào nhiều cấp ngân sách như quy định tại Luật NSNN hiện nay (phần chi đầu tư phát triển trong các chương trình quốc gia) và phải đảm bảo việc hạch toán kế toán đầy đủ, rõ ràng để việc đánh giá kết quả hoạt động được chính xác; phải tạo điều kiện thuận lợi cho việc công khai, minh bạch để việc kiểm tra, giám sát có hiệu quả.
Hai là, phân cấp cho ngân sách thành phố những nguồn thu mà phần nhiều do khoản chi ngân sách thành phố tạo ra.
Việc phân cấp nguồn thu cho chính quyền địa phương mỗi cấp phải tương ứng với nhiệm vụ chi có tác động trực tiếp đến khoản thu đó. Việc phân cấp chi chỉ có hiệu quả và phát huy tác dụng khi nguồn thu tương ứng có quan hệ chặt chẽ với khoản chi. Khắc phục tình trạng nguồn thu thuộc cấp ngân sách này nhưng những chi phí liên hệ lại do ngân sách cấp khác đài thọ.
Nguyên tắc này địi hỏi phải xố bỏ sự lồng ghép một khoản thu vào nhiều cấp ngân sách mà thuật ngữ hiện nay gọi là điều tiết hay phân chia cho các cấp ngân sách như Luật NSNN hiện hành. Nghĩa là, một khoản thu chỉ thuộc một cấp ngân sách.
Theo đó, cần chuyển giao cho ngân sách thành phố những khoản thu gắn liền với các nhiệm vụ chi về quản lý đô thị như: thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân của người có thu nhập cao, tất cả các khoản phí, lệ phí, các khoản tiền phạt của bất kỳ đơn vị nào đóng trên địa bàn thành phố, vì các khoản thu này thường gắn liền với các khoản chi của ngân sách đô thị về hạ tầng giao thông đô thị, về trật tự an ninh, về giáo dục, y tế, giải trí…
Ba là, tăng quyền tự chủ ngân sách của chính quyền đơ thị.
Trong bối cảnh đơ thị hóa với tốc độ nhanh, nhiệm vụ quản lý đô thị ngày càng phức tạp và đa dạng, bên cạnh những nhiệm vụ truyền thống như vấn đề trật tự an toàn xã hội, vấn đề cung cấp các dịch vụ hành chính cơng… nhiều nhiệm vụ mới phát sinh với những yêu cầu quản lý hiện đại. Nhu cầu lực lượng lao động ở các trung tâm thương mại, dịch vụ, các khu công nghiệp rất lớn dẫn đến làn sóng nhập cư vào đơ thị và gia tăng nhu cầu dịch vụ công như vấn đề nhà ở cho người dân nhập cư thu nhập thấp, chăm sóc y tế, giáo dục, hưu trí… Kinh nghiệm quốc tế cho thấy, để đương đầu với sự phát triển và mở rộng đô thị, ngân sách đô thị phải đủ mạnh với các nguồn lực luôn sẵn sàng cho việc thực thi cũng như
thẩm quyền quyết định nhanh chóng các khoản chi phát sinh. Chính vì vậy mà chính quyền trung ương phải tăng quyền tự chủ ngân sách cho chính quyền đơ thị để họ có thể chủ động trong việc tăng cường nguồn thu, quyết định kịp thời các chi tiêu mới phát sinh hay những tình huống chi tiêu bất thường. Nếu không, sự lệ thuộc vào các quyết định ngân sách của chính quyền trung ương sẽ ảnh hưởng lớn đến nhiệm vụ quản lý đô thị và trong nhiều trường hợp sẽ gây nên những hậu quả khó lường.
Theo đó, HĐND thành phố chủ động quyết định toàn bộ dự toán ngân sách thành phố; Quốc hội chỉ quyết định ngân sách trung ương và số bổ sung cho ngân sách địa phương. Tất nhiên, HĐND sẽ có những nguyên tắc phân bổ dự toán và thứ tự ưu tiên để bất kỳ sự thay đổi nào của số bổ sung từ ngân sách trung ương cũng không làm ảnh hưởng đến việc thực thi những nhiệm vụ cơ bản của chính quyền đơ thị.
Trong q trình chấp hành ngân sách, cần tạo điều kiện cho chính quyền mỗi cấp chủ động trong điều hành ngân sách, tránh tình trạng cấp dưới quá lệ thuộc vào cấp trên đối với nhiệm vụ chi đầu tư xây dựng cơ bản. Cần hồn thiện hệ thống thơng tin báo cáo trong lĩnh vực tài chính ngân sách, bảo đảm cung cấp thông tin kịp thời về chấp hành ngân sách ở mỗi cấp chính quyền địa phương, để giúp Ủy ban nhân dân các cấp nắm được tình hình quản lý tài chính - ngân sách để có những quyết định kịp thời, chính xác, nhằm ngăn chặn những hiện tượng tiêu cực làm thất thoát ngân sách nhà nước.
Nâng cao trách nhiệm của thủ trưởng đơn vị sử dụng ngân sách trong quá trình quyết toán ngân sách để đảm bảo chất lượng quyết toán ngân sách. Theo quy định của Luật NSNN, cơ quan tài chính, đơn vị dự tốn cấp I chịu trách nhiệm thẩm tra và phê duyệt quyết toán, nhưng thực tế chỉ mang tính hình thức vì khơng thể kiểm tra đầy đủ tính hợp pháp và chính xác các chi tiêu. Do đó, thủ trưởng đơn vị sử dụng ngân sách phải chịu trách nhiệm về các quyết định chi tiêu
của mình trước chính quyền các cấp và trước cơ quan kiểm tốn, nếu có những sai trái trong quyết định chi tiêu.
Nghiên cứu sửa đổi quy định về thời gian lập báo cáo quyết toán cho phù hợp, nhằm nâng cao chất lượng lập báo cáo quyết toán; đồng thời tạo điều kiện thuận lợi về mặt thời gian, để HĐND và cấp trên xem xét phê chuẩn quyết toán một cách chính xác.