Bên cạnh các khoản thu được phân cấp theo Luật NSNN hiện hành, Thành phố Hồ Chí Minh ban hành một số mức thu phí, lệ phí như phí đấu giá; phí chợ; phí trơng giữ xe đạp, xe máy, ơ tơ; phí tạm dừng, đỗ ơ tơ; phí bảo vệ mơi trường đối với nước thải; phí vệ sinh và phí bảo vệ mơi trường đối với chất thải rắn sinh hoạt; phí thẩm định hồ sơ và lệ phí cấp giấy phép thăm dị, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước và hành nghề khoan nước dưới đất; lệ phí hộ tịch; lệ phí cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở và quyền sử dụng đất
ở, cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở; phí thẩm định báo cáo đánh giá tác
động mơi trường; lệ phí cấp biển số nhà; lệ phí cấp chứng minh nhân dân; lệ phí đăng ký cư trú.
Bên cạnh việc huy động vốn đầu tư trong nước để xây dựng kết cấu hạ tầng thuộc danh mục đầu tư trong kế hoạch 5 năm đã được HĐND cấp tỉnh quyết định theo quy định của Luật NSNN, Thành phố Hồ Chí Minh cịn được huy động vốn vay ngoài nước cho đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng với điều kiện thành phố xây dựng phương án, chủ động tìm nguồn vay, lấy ý kiến Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam trước khi trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định theo cơ chế Chính phủ vay về cho thành phố vay lại để thực hiện các dự án, công trình theo đề nghị của UBND thành phố. Thành phố có trách nhiệm bố trí từ ngân sách địa phương để hoàn trả gốc và lãi theo quy định của pháp luật. Tổng dư nợ các nguồn vốn huy động trong nước và ngoài nước không vượt quá 100% tổng mức vốn đầu tư xây dựng cơ bản của ngân sách thành phố theo dự tốn HĐND thành phố quyết định hàng năm (khơng bao gồm nguồn vốn huy động đầu tư cho các dự án theo quy định của pháp luật, vốn đầu tư các dự án từ nguồn bổ sung có mục tiêu không ổn định từ ngân sách trung ương cho ngân sách thành phố).