Tuỳ theo tính chất kinh tế và qui mơ hoạt động của từng đơn vị sự nghiệp công lập mà các nguồn kinh phí tài trợ cho các hoạt động của đơn vị khác nhau.
Song, kinh phí hoạt động của các đơn vị sự nghiệp thường từ hai nguồn cơ bản: Kinh phí do NSNN cấp và doanh thu từ việc cung cấp hàng hoá, dịch vụ.
Mọi người đều công nhận rằng, nếu đơn vị khơng có đủ kinh phí, hoạt động của đơn vị có thể bị đe dọa. Do đó, việc quản lý nguồn kinh phí tỏ ra khơng kém phần quan trọng so với việc quản lý chi tiêu. Tuy nhiên, các nguồn kinh phí khác nhau sẽ có những yêu cầu, phương thức quản lý khác nhau.
Đối với doanh thu về cung cấp hàng hoá, dịch vụ, muốn việc quản lý mọi khoản thu chặt chẽ, dễ dàng trong thực tế, trước hết cần phải dự báo (lập kế hoạch) doanh thu chính xác. Đây là một cơng việc khơng dẽ dàng, nhưng có thể thực hiện được nếu ước tính chính xác về chủng loại, khối lượng và thời gian
của doanh thu. Nói một cách khác, nên tập trung vào việc ước tính khối lượng, giá cả và thời gian của các nguồn thu nhập.
Việc đưa ra một số liệu dự đoán doanh thu gần với thực tế phụ thuộc rất
nhiều vào việc phỏng đoán và may mắn. Thông thường, các số liệu sẽ dựa trên kết quả của năm trước, vì phương pháp này vẫn cịn dựa vào một thực tế nào đó. Quan trọng là phải dự đốn được kết quả có khả năng hồn thành bằng cam kết và nỗ lực, muốn vậy phải yêu cầu các bộ phận cung cấp hàng hoá, dịch vụ xây dựng số liệu dựa lịch sử “khách hàng”, diễn biến thực tại và những thông tin vừa thu thập.
Sau đó là việc theo dõi những diễn biến thực tế để tổ chức thu tiền và quản lý doanh thu thực tế. Việc quản lý doanh thu còn bao gồm việc thường xuyên theo dõi, đối chiếu giữa các khoản thu thực tế với những chi tiết về doanh thu theo kế hoạch để kịp thời phát hiện những nhầm lẫn thiếu sót về các khoản thu. Đối với kinh phí do NSNN cấp, việc quản lý nguồn kinh phí này tỏ ra dễ dàng hơn nhiều so việc việc quản lý doanh thu. Thật vậy, sau khi dự toán chi ngân sách được giao đơn vị tiến hành phân bổ và giao dự toán chi ngân sách cho từng bộ phận trực thuộc; đồng thời gửi cho cơ quan quản lý ngân sách (cơ quan Tài chính, Kho bạc) để phối hợp thực hiện.