Việc sản xuất, tạo ra bã đậu trên toàn thế giới là rất lớn nhưng tỷ lệ sử dụng của nó thấp, dẫn đến lợi nhuận kém từ các nguồn tài nguyên đậu nành hạt. Đáng lo ngại hơn, những sai lầm trong xử lý đang gây ra rất nhiều ô nhiễm môi trường. Một số yếu tố hạn chế dẫn đến việc sử dụng bã đậu chưa hiệu quả.
a. Độ ẩm
Độ ẩm của bã đậu là từ 70% đến 85% và quá cao để bảo quản tốt, mà nó chứa các thành phần dinh dưỡng rất phong phú. Do đó, bã đậu sẽ phân hủy nhanh chóng sau khi chúng được sản xuất. Để khắc phục những hạn chế này, bã đậu nành tươi phải được sấy càng sớm càng tốt trong điều kiện sấy thích hợp, nhưng chi phí sấy cao so với nguồn lợi mà nó mang lại. Còn quá trình sấy tự nhiên không phù hợp để sấy bã đậu vì thời gian cần thiết để sấy là rất dài và phải chịu ảnh hưởng của thời tiết, bã đậu sẽ bị thối trước khi được sấy khô bằng cách sấy khô tự nhiên.
14 Các phương pháp chung để bảo quản bã đậu bao gồm cấp đông, trong đó nhiệt độ thấp ức chế sự phát triển của vi sinh vật; Thứ hai là sấy lò, trong đó loại bỏ lượng nước trong bã đậu làm cho nó phù hợp để bảo quản và sấy khô chân không là một phương pháp khác để xử lý bã đậu. Tuy nhiên, tất cả các phương pháp sấy phổ biến tiêu tốn một lượng năng lượng lớn và làm thay đổi hương vị, màu sắc và mùi của bã đậu nành.
b. Các chất phản dinh dưỡng
Đậu nành thô có lượng lớn các chất phản dinh dưỡng, đặc biệt là các chất ức chế trypsin, các chất này bị bất hoạt một phần trong các dung môi chiết xuất và các quá trình gia nhiệt. Chất ức chế trypsin là một trong những yếu tố quan trọng nhất hạn chế việc sử dụng bã đậu trong thức ăn chăn nuôi. Đó là lý do tại sao bã đậu không thể cho trực tiếp vào thức ăn chăn nuôi. Vật nuôi ăn bã đậu trực tiếp không qua chế biến sẽ gặp vấn đề về tiêu hóa do antitrypsin, một tác động tiêu cực hơn nữa đối với việc sử dụng nó để tạo điều kiện cho động vật phát triển. Kết quả thí nghiệm cho thấy bã đậu nành tươi, được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi trực tiếp, có tác động đến sự tăng trưởng và hoạt động sinh lý. Các phương pháp khử hoạt tính của các chất ức chế trypsin đậu nành bao gồm các quá trình sử dụng vật lý, hóa học, phản ứng sinh học và lên men cũng như các phương pháp phức tạp sử dụng các hợp chất tự nhiên [19].