Hoạt động của tổ chức luôn hướng về các mục tiêu đã đề ra. Các mục tiêu có ý nghĩa quan trọng đối với sự tồn tại và phát triển của tổ chức. Trong các đơn vị ở khu vực công mục tiêu kiểm soát hướng đến 04 vấn đề:
Mục tiêu tuân thủ
Luật lệ và các quy định là kim chỉ nam cho mọi hoạt động. Các tổ chức phải tuân thủ pháp luật hiện hành, các nguyên tắc, điều luật và quy định có liên quan. Trong các điều luật quy định rõ nguồn thu, các khoản mục chi và thủ tục chi, quy định rõ quy trình, các bước thực hiện các hoạt động có liên quan. Ví dụ như Luật Ngân sách, Luật Đấu thầu, Luật Xây dựng, điều ước quốc tế, bảo vệ môi trường và luật quyền con người, các quy định về thuế thu nhập và chống gian lận và tham nhũng… Đây là mục tiêu đóng vai trò quan trọng trong việc kiểm soát các đơn vị khu vực công.
Mục tiêu hoạt động
Mục tiêu này liên quan đến tính hữu hiệu và hiệu quả trong hoạt động của đơn vị, các hoạt động của đơn vị được thực hiện một cách có trình tự, đạo đức, kinh tế, năng suất và hiệu quả. Hoạt động phải nhất quán với nhiệm vụ của tổ chức.
+ Trình tự có nghĩa là một cách tổ chức tốt, có phương pháp.
+ Đạo đức liên quan đến các nguyên tắc luân lý. Tầm quan trọng của hành vi đạo đức là phòng ngừa và phát hiện gian lận, tham nhũng trong khu vực công. Các kỳ vọng chung là các công chức phải phục vụ lợi ích cộng đồng bằng sự công bằng và quản lý tốt nguồn lực công. Các công dân cần được đối xử công bằng trên cơ sở tính hợp pháp và công lý. Do đó đạo đức công chức là điều kiện tiên quyết củng cố niềm tin của công chúng và là chìa khoá của quản trị tốt.
+ Kinh tế có nghĩa là tiết kiệm và đúng mục đích. Có nghĩa là kết quả nhận được đúng số lượng các nguồn lực, đúng chất lượng, thời gian và địa điểm với chi phí thấp nhất.
+ Năng suất và hiệu quả đề cập đến mối quan hệ giữa các nguồn lực được sử dụng và kết quả đầu ra để đạt được các mục tiêu.
Mục tiêu bảo vệ các nguồn lực
Mục tiêu này là phần chi tiết hóa mục tiêu hoạt động của đơn vị, nhưng do đặc thù của các đơn vị khu vực công nên INTOSAI muốn nhấn mạnh thêm tầm quan trọng của việc sử dụng hợp lý nguồn ngân sách, tránh thất thoát, sử dụng sai mục đích và tổn thất.
Mục tiêu hoàn thành các nghĩa vụ về trách nhiệm
Trách nhiệm là quá trình mà các tổ chức dịch vụ công và cá nhân trong tổ chức chịu trách nhiệm về các quyết định và hành động của họ, bao gồm cả việc quản lý vốn đầu tư công và tất cả các khía cạnh của hoạt động.
Điều này được thực hiện thông qua việc cung cấp thông tin tài chính và phi tài chính đáng tin cậy, kịp thời, công khai cho bên liên quan bên trong và bên ngoài tổ chức.
Thông tin phi tài chính có thể liên quan đến nền kinh tế, hiệu quả của các chính sách và hoạt động và hiệu quả của nó.