Quyết toán dự án, công trình sau khi hoàn thành là một nội dung quan trọng trong quản lý nhà nước đối với đầu tư XDCB, đây là giai đoạn cuối cùng của quá trình đầu tư nhằm đánh giá kết quả đầu tư. Trên cơ sở đó xác định trách nhiệm của Chủ đầu tư, cấp quyết định đầu tư, cơ quan quản lý nhà nước về đầu tư trong quá trình quản lý, sử dụng vốn.
Ban Quản lý phải thường xuyên kiểm soát nhà thầu tuân thủ nghiêm túc những điều khoản theo hợp đồng đã ký kết, thanh quyết toán các gói thầu theo đúng thủ tục, theo dõi sát sao những phát sinh thêm để tránh tính trạng không thể quyết toán gói thầu.
Yêu cầu các cán bộ giám sát nghiệm thu đến đâu thì chuẩn số liệu và hoàn chỉnh hồ sơ đến đó, điều này sẽ giúp việc quyết toán khi công trình đã bàn giao đưa vào sử dụng sẽ nhanh chóng và chính xác.
Toàn bộ khối lượng từng công việc theo công trình/hạng mục công trình được tổng hợp, đối chiếu cụ thể giữa thiết kế/hợp đồng, nghiệm thu, hoàn công, đảm bảo phù hợp logic, để từ đó đưa vào quyết toán các khối lượng đảm bảo tính pháp lý, xử lý loại bỏ các khối lượng không phù hợp. Đối với các trường hợp thi công chậm tiến độ do lỗi chủ quan của nhà thầu đã được xác định trong quá trình thi công thì kiên quyết đưa vào phạt chậm tiến độ trong hồ sơ quyết toán.
Việc điều chỉnh bổ sung phát sinh trong việc thực hiện hợp đồng thi công xây lắp và thiết bị là không thể tránh khỏi, tuy nhiên phải có giải pháp hạn chế đến mức thấp nhất. Các nội dung phát sinh phải được lập các biên bản xử lý hiện trường có sự chứng kiến của sở chuyên ngành, chủ đầu tư, đơn vị tư vấn và nhà thầu làm căn cứ để tổ chức lập thiết kế hiệu chỉnh, phê duyệt, thương thảo đàm phán và bổ sung phụ lục hợp đồng đảm bảo kịp thời, đúng trình tự và nội dung thủ tục quy định, giải pháp phải tiết kiệm và hiệu quả nhất đảm bảo đầy đủ thủ tục khi quyết toán.
Đưa vào hợp đồng với nhà thầu điều khoản phạt khi nhà thầu lập và gởi quyết toán khối lượng chậm, sai dẫn đến việc chủ đầu tư thiếu cơ sở để lập quyết toán đầu tư xây dựng cơ bản hoàn thành gởi cơ quan có thẩm quyền phê duyệt.
Đối với các dự án chậm quyết toán do lỗi của nhà thầu, chủ đầu tư yêu cầu nhà thầu phối hợp để lập hồ sơ quyết toán nhưng nhà thầu không phối hợp thực hiện thì Ban Quản lý đề xuất với cấp có thẩm quyền được thực hiện việc trình quyết toán theo số tiền đã thanh toán mà không cần có xác nhận của nhà thầu, đồng thời thông báo công khai trên các phương tiện thông tin đại chúng về vi phạm của nhà thầu.
Đối với những công trình phức tạp, có giá trị gói thầu xây lắp, thiết bị lớn, Ban Quản lý cần mời các tổ chức kiểm toán độc lập để kiểm toán báo cáo quyết toán các công trình hoàn thành.
Thực hiện việc kiểm điểm quy rõ trách nhiệm cá nhân trong việc lập quyết toán sai và mức bồi thường của từng cá nhân theo quy chế của cơ quan. Trường hợp cơ quan không có quy chế rõ ràng dẫn đến việc không quy kết được trách nhiệm và mức phạt đối với cá nhân thì lãnh đạo phòng và lãnh đạo Ban phụ trách phải chịu trách nhiệm.