Vietcombank là một tổ chức tài chính của Chính phủ, hoạt động trong lĩnh vực ngân hàng nên cơ cấu tổ chức của Vietcombank có những nét tương đồng với các ngân hàng thương mại nhà nước khác.
Cơ quan quyền lực cao nhất của VCB là Hội đồng Quản trị. Hội đồng quản trị là cơ quan quản lý Ngân hàng, có toàn quyền nhân danh Ngân hàng để quyết định, thực hiện các quyền và nghĩa vụ của Ngân hàng không thuộc thẩm quyền của Đại hội đồng cổ đông.
Ủy ban giúp việc cho Hội đồng quản trị là Ủy ban quản lý rủi ro: nhiệm vụ và quyền hạn cụ thể, số lượng và tiêu chuẩn của các thành viên của các ủy ban này do Hội đồng quản trị quyết định phù hợp với quy định của Pháp luật.
Tổng Giám đốc: Tổng Giám đốc là người đại diện theo pháp luật của Ngân hàng, do Hội đồng quản trị thuê hoặc bổ nhiệm, chịu sự giám sát của Hội đồng quản trị và chịu trách nhiệm trước Hội đồng quản trị và Pháp luật về thực hiện các quyền và nhiệm vụ được giao.
Giúp việc cho Tổng Giám đốc là các Phó Tổng Giám đốc, Giám đốc/Phó Giám đốc khối, Kế toán trưởng, Trưởng các phòng, ban chức năng tại trụ sở chính của Ngân hàng và người quản lý khác do Tổng Giám đốc thuê, ký hợp đồng, bổ nhiệm, bãi nhiệm, miễn nhiệm hoặc sa thải.
Ban kiểm soát là cơ quan do Đại hội đồng cổ đông bầu ra, thay mặt các cổ đông để kiểm soát một cách độc lập, khách quan và trung thực mọi hoạt động kinh doanh, quản trị và điều hành Ngân hàng, chịu trách nhiệm trước Đại hội đồng cổ đông trong thực hiện nhiệm vụ được giao.