Với vai trò là ngân hàng của các ngân hàng, NHNN vừa là người đề ra các quy định, vừa là người giám sát và kiểm tra tình hình thực hiện các quy định đó. Đồng thời, với vị trí là Ngân hàng đầu mối của các NHTM, NHNN cũng thực hiện vai trò là trung gian thanh toán cho các NHTM, các TCTD cũng như lập ra các trung tâm thanh toán bù trừ. Để thúc đẩy vai trò đó của mình, NHNN cần giải quyết một số vấn đề:
Thứ nhất, từng bước hoàn thiện hệ thống thanh toán
NHNN cần mở rộng thực hiện dự án hiện đại hóa về hệ thống thanh toán điện tử liên ngân hàng. Theo dõi mô hình mới, hệ thống thanh toán điện tử được thực hiện ở tất cả các chi nhánh và tại Hội sở chính. Tuy nhiên, hệ thống thanh toán chưa thực sự được hoàn thiện nên hiệu quả thu lại vẫn chưa được cao. Do đó, cần phải khắc phục tình trạng này
Thứ hai, tiếp tục hoàn thiện môi trường pháp lý
Hoàn thiện về môi trường pháp lý là yêu cầu bức xúc đối với hoạt động thanh toán ngân hàng và thanh toán điện tử trước yêu cầu của hội nhập AFTA (khu vực mậu dịch tự do ASEAN) và sự gia nhập WTO (Tổ chức thương mại thế giới) của Việt Nam, đặc biệt là trước thách thức và nhu cầu phát triển thương mại điện tử. Cụ thể là:
Tiếp tục hoàn thiện các quy định về quản lý, lưu trữ chứng từ điện tử, chữ ký điện tử trong các hoạt động thanh toán của các ngân hàng và TCTD, tổ chức kinh tế và cá nhân.
Xác định các hình thức thanh toán, thủ tục mở tài khoản và thanh toán của dân cư với phương châm nhanh chóng, đơn giản, an toàn, chi phí thấp.
Cần tiến hành xây dựng và hoàn thiện về Luật thương mại điện tử, chứng từ điện tử, chữ kí điện tử…nhằm đảm bảo cho sự ra đời và ứng dụng trong thực tế của các dịch vụ ngân hàng điện tử như: thẻ thanh toán, E-Banking, Internet Banking…
Bên cạnh đó, NHNN cần trao đổi quyền tự chủ tài chính lớn theo nguyên tắc thị trường cho các NHTM, để các ngân hàng có chính sách thu hút nhân tài cho lĩnh vực công nghệ thông tin.