Với mục đích tìm kiếm những giải pháp để phát triển kinh tế vào đầu những năm của thập kỉ 90 ở Việt Nam, Chính phủ đã phê duyệt dự án thành lập KCX đầu tiên của Việt Nam vào ngày 25/11/1991, đó chính là KCX Tân Thuận – Tp.HCM.
Để trong quá trình xây dựng và phát triển KCX được thuận lợi thì cần phải có một ngân hàng đảm nhiệm việc chuyển vốn từ ngoài vào và thực hiện các dịch vụ ngân hàng một cách tốt nhất cho các nhà đầu tư, các công ty và xí nghiệp trong KCX.
Do đó, ngày 25/01/1993, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam ra quyết định số 24/NHQĐ giao cho Ngân hàng Ngoại thương Việt Nam (nay là Ngân hàng TMCP Ngoại Thương Việt Nam) mở chi nhánh tại các KCX ở Việt Nam. Thực hiện quyết định này, ngày 26/03/1993, Tổng giám đốc VCB ra quyết định số 70/TCCB về việc thành lập chi nhánh Ngân hàng Ngoại thương Việt Nam tại KCX Tân Thuận.
Theo chỉ thị của lãnh đạo, Ngân hàng Ngoại thương Việt Nam Chi nhánh KCX Tân Thuận được thành lập ngày 25/09/1993 với tên giao dịch là Vietcombank Tân Thuận EPZ. Là chi nhánh đầu tiên phục vụ cho các nhà đầu tư trong và ngoài KCX, đây là KCX được coi là thành công nhất khu vực Đông Nam Á trong thập kỷ 90 của thế kỷ trước. Đến ngày 02/06/2008, căn cứ quyết định số 533/QĐ.NHNT.TCCB-ĐT Ngân hàng Ngoại thương Việt Nam Chi nhánh KCX Tân Thuận được đổi tên thành Ngân hàng TMCP Ngoại thương Việt Nam chi nhánh Nam Sài Gòn.
Từ ngày chính thức đi vào hoạt động đến nay, VCB Chi nhánh Nam Sài Gòn đã trải qua không ít khó khăn. Qua hơn 15 năm hoạt động đến nay có thể nói VCB Chi nhánh Nam Sài Gòn là một trong những chi nhánh lớn trong hệ thống VCB với gần 200 cán bộ. Trụ sở chính đặt tại KCX Tân Thuận, quận 7, Tp.HCM và 5 phòng giao
dịch trực thuộc: Phòng giao dịch Phú Mỹ Hưng, phòng giao dịch Nhà Rồng, phòng giao dịch Mỹ Toàn, phòng giao dịch Bình Minh và phòng giao dịch An Phú.
Biểu đồ 2.6: Mô hình tổ chức của VCB Chi nhánhNam Sài Gòn
PGD AN PHÚ PGD BÌNH MINH PGD MỸ TOÀN PGD NHÀ RỒNG PGD PHÚ MỸ HƯNG VCB CHI NHÁNH NAM SÀI GÒN
Các hoạt động kinh doanh chủ yếu hiện nay tại Chi nhánh là hoạt động huy động vốn, cho vay, bảo lãnh, thanh toán quốc tế, phát hành và thanh toán thẻ, kinh doanh ngoại tệ, hoạt động ngân hàng bán lẻ.