Quản lý NSSD thường bị chi phối bởi các nhân tố sau:
1.4.2.1. Cơ chế quản lý và điều hành NSSD
Có thể khái quát cơ chế quản lý và điều hành NSSD như sau: Cấp ủy Đảng lãnh đạo, người chỉ huy điều hành, cơ quan tài chính làm tham mưu, các cá nhân và đơn vị tổ chức thực hiện. Như vậy, có thể nói quản lý NSSD chịu sự tác động của rất nhiều yếu tố, bất kỳ yếu tố nào trong cơ chế quản lý này nếu trục trặc, đều ảnh hưởng đến hiệu lực quản lý tài chính hoặc nếu không có sự phối hợp đồng bộ nhịp nhàng giữa các yếu tố sẽ ảnh hưởng đến hiệu quả chi tiêu NSSD.
1.4.2.2. Các định mức kinh tế, kỹ thuật, chế độ, tiêu chuẩn
Việc chi tiêu sử dụng NSSD chịu ảnh hưởng rất lớn của các chế độ, tiêu chuẩn, định mức, bởi đây là cơ sở để lập DTNS. Việc thay đổi những yếu tố đầu vào của chỉ tiêu làm ảnh hưởng đến mọi khâu của chu trình quản lý NS và ảnh hưởng đến chất lượng công tác quản lý NS.
Trong tình hình hiện nay, chế độ, tiêu chuẩn, định mức lại thường xuyên thay đổi, đây là những yếu tố khó lường trong quản lý NSSD.
Sự biến động của đơn vị cả về quân số và nhiệm vụ được giao cũng là yếu tố tác động đến hiệu lực quản lý NSSD. Tuy nhiên, đây là vấn đề không tránh khỏi đối với đơn vị dự toán Quân đội. Vì vậy, để nâng cao hiệu lực quản lý NSSD đòi hỏi những người làm công tác tài chính cần tính trước đến yếu tố này.
1.4.2.4. Khả năng bảo đảm của cơ quan tài chính cấp trên
Căn cứ vào nhu cầu chi tiêu, cơ quan tài chính lập DTNS cả về số chỉ tiêu NS và tiến độ bảo đảm. Trong thực tế, do còn mất cân đối khá lớn giữa nhu cầu và khả năng, từ đó dẫn đến số NS được bảo đảm thấp hơn DTNS được giao, thời gian bố trí NS có lúc chưa kịp thời với việc chi tiêu sử dụng phục vụ cho nhiệm vụ đơn vị, tình trạng này sẽ kéo theo các hệ quả sau:
Một là, không thực hiện được nhiệm vụ đảm bảo NS, từ đó làm ảnh hưởng đến kết quả thực hiện được nhiệm vụ của đơn vị.
Hai là, lấy NS từ nội dung này chi tiêu phục vụ nhiệm vụ của nội dung khác, dẫn đến sai phạm trong việc quản lý, điều hành NS theo luật NSNN.
1.4.2.5. Năng lực tham mưu trong quản lý điều hành của ngành tài chính
Trong cơ chế quản lý tài chính ở đơn vị dự toán Quân đội, ngành tài chính đóng vai trò làm tham mưu và tổ chức thực hiện công tác bảo đảm, quản lý tài chính, trong đó có NSSD. Vì vậy, có thể nói trong cơ chế quản lý tài chính, vai trò của cơ quan tài chính là rất quan trọng, không thể thiếu, có ảnh hưởng rất lớn đến quản lý tài chính nói chung và quản lý NSSD nói riêng.