Thứ nhất, về lập dự toán chi thường xuyên:
năm sau thường được hoàn thành ở quý IV của năm đó, sau đó trình các cơ quan cấp trên ra quyết định phê duyệt; việc xây dựng dự toán chi được tính toán toàn diện trên cơ sở tất cả các nguồn thu Bệnh viện có thể khai thác để tạo lập kinh phí hoạt động. Tuy nhiên, trên thực tế cho thấy dự toán chi thường xuyên của Bệnh viện vẫn chưa thực sự chính xác, vẫn còn những chênh lệch lớn trong dự toán chi và thực hiện chi. Điều này khiến bệnh viện bị động trong việc cân đối thu chi và ảnh hưởng đến hoạt động thường xuyên. Tất nhiên, như đã phân tích ở trên, có nhiều nguyên nhân, bao gồm cả chủ quan và khách quan ảnh hưởng tới sự chênh lệch thu chi này. Ở góc độ quản lý, trong quá trình xây dựng dự toán thu chi còn chủ quan, chủ yếu vẫn dựa trên kết quả thực hiện nhiệm vụ thu chi của những năm trước, chưa thực sự căn cứ vào nhu cầu và tình hình thực tế hoạt động của Bệnh viện, chưa tính đến yếu tố rủi ro khác trong quá trình lập dự toán.
Một số khoản chi của Bệnh viện đều vượt so với dự toán chi được xây dựng đầu năm. Chủ yếu nằm tại chi thanh toán cho cá nhân và chi cho nghiệp vụ chuyên môn bị vượt khá cao so với dự toán. Mặc dù các khoản thu hàng năm của Bệnh viện cũng tăng so với dự toán, tuy nhiên việc chi vượt dự toán làm cho Bệnh viện gặp khó khăn trong việc cân đối thu chi trang trải cho các khoản chi vượt thêm.
Thứ hai, tổ chức thực hiện dự toán thu chi:
Sau khi lập dự toán, bệnh viện chủ động phân phối nguồn vốn đến các phòng ban. Tuy nhiên, khi các bộ phận phòng ban phát sinh chi phí vượt với dự toán đầu năm, bệnh viện chưa kịp thời trong việc cấp phát vốn, kinh phí nhanh, đúng thời điểm dẫn đến gây lãng phí, tham ô và thất thoát nguồn NSNN.
Trong quá trình sử dụng nguồn vốn NSNN chưa thực hiện được chính sách tiết kiệm nhằm nâng cao hiệu quả kinh tế - xã hội. Vẫn còn một số bộ phận lợi dụng chính sách, kẽ hở trong dự toán gây thất thoát trong chi thường
xuyên tại bệnh viện.
Thứ hai, còn do trình độ của cán bộ quyết toán chưa cao dẫn đến một số khoản thất thoát trong chi thường xuyên của bệnh viện chưa tìm ra sau quyết toán.
Thứ tư, công tác thanh tra, kiểm tra chi thường xuyên NSNN:
Việc tiến hành thanh tra, kiểm tra do nội bộ bệnh viện lập ra. Chưa có những biện pháp xử lý nghiêm các hành vi vi phạm trong chi thường xuyên NSNN hoặc do cùng làm trong ngành nên có trường hợp bao che, không công khai các vi phạm mà cán bộ mắc phải, dẫn đến thất thoát về chi thường xuyên NSNN.
Thứ năm, trong bệnh viện cần xây dựng một hệ thống định mức, tiêu chuẩn chi tiêu nội bộ hợp lý.
Thứ sáu, cần ứng dụng tốt hơn nữa công nghệ thông tin vào công tác quản lý tài chính.