Công tác triển khai kế hoạch không bao giờ cũng đúng như dự kiến. Bởi vậy, đòi hỏi phải có sự thanh tra, kiểm tra thường xuyên để phát hiện sai sót, uốn nắn và đưa công tác quản lý tài chính đi vào nề nếp. Việc kiểm tra giúp đơn vị nắm được tình hình quản lý tài chính nhằm đảm bảo hiệu quả đầu tư. Cùng với việc thanh tra, kiểm tra, công tác đánh giá rất được coi trọng trong quá trình quản lý tài chính. Đánh giá để biết những công việc đạt và không đạt hiệu quả, gây lãng phí từ đó đưa ra biện pháp kịp thời cũng như rút kinh nghiệm quản lý. Ba nội dung để đánhgiá hiệu quả hoạt động tài chính trong bệnh viện đó là: Chất lượng chuyên môn; Hạch toán chi phí bệnh viện và hiệu quả hoạt động.
Việc tăng cường kỷ luật tài chính được bắt đầu từ chính người đúng đầu đơn vị bởi chỉ khi người đứng đầu nhận thức được rõ tầm quan trọng của kỷ luật tài chính, gương mẫu thực hiện và trực tiếp chỉ đạo các khoa phòng trong đơn vị thực hiện nghiêm thì các quy chế tài chính nội bộ của đơn vị mới phát huy được tác dụng mong muốn.
Bệnh viện rà soát lại các quy định nội bộ đã ban hành, nghiên cứu bổ sung cụ thể trách nhiệm từng cá nhân, tập thể có liên quan. Đồng thời coi kỷ luật tài chính là một nội dung cấu thành, không thể thiếu trong mỗi quy định tài chính nội bộ chuẩn bị xây dựng mới.
Để quản lý tốt các khoản chi, các khoa phòng cần thực hiện tốt các thủ tục, quy trình kiểm soát nội bộ theo nhiều cấp: bắt đầu là kiểm soát từ cấp phòng, bộ phận thực hiện, kiểm soát của bộ phận kế toán tổng hợp và cuối cùng mới là kiểm soát và phê duyệt của lãnh đạo đơn vị.