Hoàn thiện tổ chức thực hiện dự toán thu: Khi Bệnh viện Y học cổ truyền - Bộ Công an thực hiện cơ chế tự chủ thì cơ cấu giá áp dụng tại Bệnh viện sẽ bao gồm các khoản chi phí trực tiếp, chi phí tiền lương và các khoản phụ cấp, chi phí quản lý và chi phí khấu hao tài sản cố định. Vì vậy nguồn thu tại Bệnh viện tính đầy đủ các chi phí trên. Bước đầu tiên để phục vụ công tác lập dự toán nguồn thu, Phòng Tài chính kế toán và Phòng Kế hoạch tổng họp phải lập dự báo về số lượt bệnh nhân đến khám và chữa bệnh nội trú và ngoại trú. Cụ thể tỷ lệ bệnh nhân khám thanh toán viện phí trực tiếp theo tỷ lệ tăng của bệnh nhân nội trú sẽ thấp hơn bệnh nhân ngoại trú. Lí do hiện nay nước ta đang thực hiện lộ trình, “Bảo hiểm toàn dân” nên số lượng bệnh nhân có thẻ BHYT sẽ tăng lên, tuy nhiên nếu khám chữa bệnh ngoại trú vượt tuyến sẽ không được hưởng. Vì vậy, bệnh nhân khám BHYT cũng sẽ tăng khá cao. Các bước tiếp theo thuộc trách nhiệm của Phòng Tài chính kế toán đó là phân tích tình hình kinh tế, xã hội thực tế về giá khám chữa bệnh BHYT. Sau khi phân tích và ước tính các nhân tố ảnh hưởng đến cơ cấu giá. Phòng Tài chính kế toán sẽ tổng hợp và lập dự toán nguồn thu tương ứng với số lượt bệnh nhân được dự báo.
Hoàn thiện về công tác lập dự toán chi: Để thuận lợi cho quá trình quản trị hoạt động của Bệnh viện, kế toán quản trị chi phí cần phải tách riêng so với kế toán tài chính. Các chi phí nên được phân loại theo đối tượng chịu
chi phí tức là thông tin về chi phí cần phân định rõ ràng giữa chi phí trực tiếp, chi phí gián tiếp và chi phí quản lý để giúp cho quá trình kiểm soát và tiết kiệm được chi phí không cần thiết. Cụ thể cách phân loại như sau:
* Chi phí trực tiếp gồm:
- Chi phí nguyên vật liệu trực tiếp: thuốc, dịch truyền, hóa chất, vật tư tiêu hao, vật tư thay thế để thực hiện các dịch vụ khám, chữa bệnh;
- Chi phí nhân công trực tiếp gồm:
+ Tiền lương: Tiền lương ngạch bậc, chức vụ, các khoản phụ cấp, các khoản đóng góp theo chế độ do Nhà nước quy định;
+ Phụ cấp thường trực, phụ cấp phẫu thuật, thủ thuật theo quy định tại Quyết định số 73/2011/QĐ-TTg ngày 28 tháng 12 năm 2011 của Thủ tướng Chính phủ về việc quy định một số chế độ phụ cấp đặc thù đối với công chức, viên chức, người lao động trong các cơ sở y tế công lập.
* Chi phí gián tiếp là chi phí chung như: điện, nước, nhiên liệu, xử lý chất thải, vệ sinh môi trường; Chi phí duy tu, bảo dưỡng thiết bị, mua thay thế công cụ, dụng cụ; Khấu hao tài sản cố định,... phục vụ trực tiếp cho công tác khám chữa bệnh.
* Chi phí quản lý: bao gồm chi phí tiền lương, tiền công; các khoản chi khác phục vụ cho cán bộ quản lý. Đồng thời trong kế toán quản trị cần phải xây dựng hệ thống chi phí theo mối quan hệ với mức độ hoạt động như xây dựng hệ thống biến phí, định phí và chi phí hỗn hợp.
* Định phí bao gồm:
Chi phí khấu hao tài sản cố định; Chi phí sữa chữa lớn tài sản cố định; Chi phí quản lý hành chính.
* Biến phí: Khi bước vào cơ chế tự chủ có thể chi phí tiền lương, các khoản phụ cấp theo lương tại Bệnh viện sẽ phụ thuộc vào hoạt động chuyên môn của Bệnh viện. Chi phí thuốc, hóa chất, vật tư y tế phụ thuộc vào lượng
bệnh nhân điều trị và diễn biến bệnh của bệnh nhân. Đây là chi phí chiếm tỷ trọng lớn trong tổng chi phí tại Bệnh viện và có mức biến động lớn. Chi phí quản lý hành chính (Chi phí sử dụng điện, nước, nhiên liệu, vận chuyển…)