Công tác phối hợp thu NSNN còn nhiều hạn chế: Phối hợp thu NSNN liên quan đến nhiều cơ quan, nhiều cán bộ và liên quan đến một khối lượng lớn người nộp thuế. Đây là nhiệm vụ khá mới mẽ đối với các ngân hàng được kho bạc ủy nhiệm thu. Cho nên mặc dù đãđược Kho bạc tập huấn, hướng dẫn về nghiệp vụ thu NSNN nhưng cán bộ ngân hàng vẫn còn lung túng trong việc tổ chức thu nộp, các chứng từ thu truyền sang kho bạc còn sai sót thiếu nhiều thông tin về MLNS, mã số thuế. Việc trao đổi tra soát các sai sót trong quá trình hạch toán chưa đư ợc chặt chẽ, phản hồi tra soát còn chậm. Cá biệt còn có trường hợp ngân hàng hạch toán sai bỏ sót chứng từ thu mà chưa được phát hiện kịp thời trong khi đó, cũng chưa có qui định cụ thể việc kho bạc sẽ kiểm tra ngân hàng trong việc chấp hành các quy định. Việc cập nhật các thông tin liên quan đến người nộp tiền của cơ quan thu (danh bạ người nộp thuế, mã số thuế, số tờ khai, ngày tờ khai Hải quan, loạt hình xuất nhaaph khẩu chưa được đầy đủ kịp thời). Kết nối giữa chương trìnhứng dụng trao đổi thông tin thu nộp NSNN (TCS) chương trình thu thuế điện tử do các ngân hàng xây dựng còn rất chậm chứng từ truyền sang Kho bạc chưa kịp thời còn bị lỗi phải truyền đi, truyền lại nhiều lần.
Để phát huy hiệu quả của việc tổ chức phối hợp thu theo tôi cần phải thực hiện những công việc sau:
Thường xuyên duy trì sự phối hợp chặt chẽ giữa các cơ quan Thuế-Hải quan- Kho bạc- ngân hàng thương mại, bởi phối hợp thu là sự tham gia gắn kết hữu cơ, tổ chức thực hiện và trao đổi thông tin giữa các cơ quan trong đó các ngân hàng thương mại có vai trò quan trọng. Vì vậy để tình trạng sai sót của các thông tin trên chứng từ thu truyền sang Kho bạc được hạn chế Các kho bạc trên địa bàn Tp. Hồ Chí Minhcần phối hợp tốt với cơ quan thu để xử lý những vướng mắc phát sinh đồng thời cần tập huấn kỹ cho tất cả kế toán trưởng, kế toán viên liên quan đến nghiệp vụ thu nôp NSNN của toàn bộ các ngân hàng thương mại trên địa bàn mình( kể cả các ngân hàng không tham gia phối hợp ủy nhiệm thu nhưng là nơi người nộp tiền trích tài khoản của mìnhđể nộp NSNN)
Thông tin truyền thông giữa khách hàng thực hiện mở và quản lý tài khoản tại kho bạc trong điều kiện áp dụng TABMIS
Thực tế trên hệ thống Tabmis tài khoản đã được thiết kế sẳn, tài khoản giao dịch được hoạt động khi kết hợp với mãđơn vị quan hệ ngân sách do cơ quan tài chính hoặc KBNN cấp. Điều này có nghĩa là tài khoản đã có sẳn không cần phải mở như trước đây nếu có nhu cầu sử dụng thì cácđơn vị giao dịch phải đăng ký sử dụng với kho bạc như vậy thuật ngữ mở tài khoản cần sửa đổi là “đăng ký sử dụng tài khoản” để phù hợp với chế độ kế toán Tabmis đồng thời để đảm bảo tính pháp lý trong quan hệ giao dịch và tránh được việc lợi dụng trong quản lý tài chính NSNN thì mẫu giấy đăng ký mở tài khoản và mẫu dấu chữ ký mẫu 01/MTK nên sửa đổi tiêu đề cho phù hợp với TABMIS giấy đăng ký sử dụng tài khoản mẫu dấu và mẫu chữ ký các thông tin đăng ký sử dụng tài khoản cần sửa đổi bổ sung để đảm bảo tính logic và đầy đủ phù hợp với yêu cầu quản lý hồ sơ theo tiêu chuẩn ISO. Khi đăng ký sử dụng tài khoản tại các kho bạc phải có quyết định thành lập đơn vị, bổ nhiệm kế toán trưởng hoặc phu trách kế toán để quản lý chặt chẽ và đảm bảo hiệu lực pháp lý cần phải xác định thời hạn có hiệu lực của giấy đăng ký sử dụng tài khoản yêu cầu đơn vị gởi kịp thời quyế t định bổ nhiệm, bổ nhiệm lại (vì các chức danh lãnhđạo kế toán trưởng đều có thời hạn), đ ồng thời phải phân định rõ trách nhiệm việc không bổ sung thay thế kịp thời các quyết định bổ nhiệm là trách nhiệm của các lãnhđạo đơn vị mở tài khoản tại các kho bạc trên địa bàn Tp. Hồ Chí Minh.