Vận hành KSNB để CBCC hiện nay thực hiện mục tiêu chung của đơn vị , ban lãnh đạo phải tăng cường và nâng cao công tác kiểm tra giám sát nội bộ trên các lĩnh vực nghiệp vụ nhằm chủ động phát hiện, cảnh báo ngăn ngừa những sai phạm trong công tác quản lý tài chính tại đơn vị.
Tăng cường công tác tự kiểm tra bằng cách xây dựng kế hoạch kiểm tra giám sát các mặt nghiệp vụ hàng quý. Các tồn tại, lỗi phát hiện trong quá trình kiểm tra giám sát sau khi được lãnh đạo đơn vị đánh giá nguyên nhân, tìm ra biện pháp khắc phục cần được thông báo đến các phòng bộ phận để từng cá nhân học tập không để xảy ra sai sót tương tự.
Trước yêu cầu nhiệm vụ ngày càng cao đặc biệt là chiến lược phát triển kho bạc đến nă m 2020, công tácứng dụng hệ thống thông tin ở mức độ rất cao thì việc cần thiết là phải có nhiệm vụ kiểm tra giám sát cho từng loại rủi ro để có biện pháp khắc phục. Trong quá trình giám sát cần độc lập khách quan, các hoạt động rủi ro trong nghiệp vụ cần tìm ra các nguyên nhân khách quan và chủ quan gây ra giúp cho bộ phận kiểm tra kiểm soát có thể giám sát rủi ro và đề xuất
các phương hướng nhằm hạn chế nó. Công tác giám sát phải đặt ra những quy định như toàn bộ máy tínhkhi đưa vào sử dụng tại các Kho bạc đều phải được cài hệ điều hành có bản quyền hợp lệ, cấu hình, phân hoạch ổ đĩa đặt địa chỉ và tên máy tính theo đúng quy định của ngành. Cài đặt toàn bộ phần mềm hệ thống, ứng dụng tiện ích các phần mềm phòng chống mãđộc hại cần thiết cho công việc hằng ngày lên máy chủ và máy trạm trước khi đưa vào sử dụng và được kiểm tra cập nhật thường xuyên. Mọi yêu cầu thay đổi hoặc thêm mới đối với cá c phần mềm hệ thống, các tiện ích đãđược cài đặt trên máy tính đều phải thực hiện theo hướng dẫn của phòng tin học Kho bạc Thành phố (KBTP).
Để phát hiện những yếu kém của HTKSNB, cần tiến hành nghiên cứu các báo cáo tự kiểm tra của các Phòng, bộ phận; báo cáo kiểm tra của đơn vị cũng như tham khảo báo cáo kiểm tra của thanh tra KBTP, các bài viết trên diễn đàn của ban quản trị KBTP yêu cầu các Kho bạc quận huyện điều chỉnh khi chạy các Kho bạc nhà nước , cùng chương trình kiểm tra, sổ điều chỉnh tại các với việc phỏng vấn các kế toán viên, kiểm ngân viên, thanh toán viên, chuyên viên về những vấn đề có khó khăn, vướng mắc trong công việc hàng ngày trong 2 năm 2013-2014 để tìm ra các nhân tố chính ảnh hưởng đến HTKSNB, phát hiện các rủi ro và từ đó có biện pháp khắc phục giúp hoàn thiện hệ thống. Lý do chỉ nghiên cứu trong khoảng thời gian 2 năm 2013 - 2014 vì đây là thời điểm Kho bạc áp dụng chế độ kế toán mới theo Quyết định 161/QĐ- KBNNngày 19/02/2013 của Tổng Giám đốc KBNNvề việc ban hành một số quy trìn h nghiệp vụ Kế toán Nhà nước trong điều kiện áp dụng Hệ thống Thông tin Quản lý Ngân sách và Kho bạc TABMIS (Treasury And Budget Management Information System”), chương trình phần mềm sử dụng hiện tại là chương trình Tabmis.
Cuối cùng là, lãnhđạo các kho bạc thường xuyên tổ chức và theo dõi chặt chẽ việc kiểm tra chéo các nghiệp vụ của từng phòng ban, việc kiểm tra này có thể thực hiện định kỳ và đột đột xuất để nhằm phát hiện những rủi ro sai phạm để xử lý kịp thời, tránh gây lãng phí và thiệt hại cho tài sản của nhà nước.