Hệ thống đào tạo của tỉnh Bắc Ninh nói chung và huyện Yên Phong nói riêng còn rất nhiều bất cập. Nếu chỉ xét ở khía cạnh đào tạo nghề cho lao động trực tiếp thì còn rất nhiều vấn đề phải giải quyết:
- Quy hoạch hệ thống các trƣờng, cơ sở dạy nghề chƣa phù hợp với sự phát triển kinh tế-xã hội của huyện. Toàn huyện có 03 cơ sở dạy nghề phân bố chủ yếu ở Thị trấn. Cả ba đơn vị dạy nghề đều tập trung đào tạo cùng một ngành nghề nào đó nhƣ kế toán, tin học, chế biến món ăn, trang điểm... trong khi đó có những ngành nghề: may, chế tạo máy, kỹ thuật vận hành máy, điện tử,... ít hoặc chƣa đƣợc dạy.
- Quy mô và năng lực đào tạo còn nhỏ bé so với nhu cầu lao động trên địa bàn huyện. Với chủ trƣơng đa dạng hóa các loại hình đào tạo nhằm nâng dần quy mô đáp ứng nhu cầu tuyển dụng của doanh nghiệp, lĩnh vực dạy nghề cần phát triển hơn nữa.
- Cơ cấu đào tạo chƣa phù hợp với cơ cấu và nhu cầu lao động kỹ thuật của các doanh nghiệp trên địa bàn huyện vì hiện nay các doanh nghiệp đóng trên địa bàn các KCN của huyện Yên Phong cần rất nhiều lao động có trình độ chuyên môn kỹ thuật. Các ngành hiện nay đang thiếu lao động nhƣ điện tử, chế biến lắp ráp máy chính xác... thì hầu nhƣ các cơ sở dạy nghề chƣa chú trọng.
- Chất lƣợng đào tạo chƣa đáp ứng đƣợc nhu cầu của thị trƣờng lao động: chất lƣợng đội ngũ đứng lớp, phƣơng tiện giảng dạy, nội dung chƣơng trình, giáo trình không theo kịp sự thay đổi của công nghệ, của thị trƣờng. Do đó khi học viên tốt nghiệp nhƣng vẫn chƣa đƣợc một lần tiếp cận với những công cụ, dụng cụ, máy móc mà khi đi làm việc, doanh nghiệp yêu cầu phải thao tác hay vận hành đƣợc. Điều này ảnh hƣởng đến tâm lý của nhà tuyển dụng khi họ hoài nghi, không tin tƣởng vào bằng cấp của ngƣời lao động khi thực tế họ luôn phải đào tạo cho lao động mới vào làm.