Từ những kinh nghiệm của 2 KBNN nêu trên, trong quá trình triển khai KSC NSNN qua KBNN Sơn Trà có thể rút ra bài học kinh nghiệm đó là:
Một là: Thường xuyên tổ chức tuyên truyền, phổ biến, giáo dục chính trị tư tưởng, nâng cao ý thức, trách nhiệm của công chức KBNN.
Cần tập trung tạo điều kiện để cán bộ công chức, đặc biệt là cán bộ công tác KSC được học tập, nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ...thường xuyên mở các lớp bồi dưỡng kiến thức chuyên ngành để cán bộ, công chức được cập nhật những kiến thức mới trong điều kiện chế độ KSC, chế độ kế toán nhà nước thường xuyên thay đổi. Những cán bộ làm công tác KSC phải là người có năng lực chuyên môn, tuân thủ đúng quy trình KSC, am hiểu tình hình kinh tế xã hội của địa phương và cơ chế chính sách của Đảng và Nhà nước.
Hai là: Tăng cường công tác KSC chặt chẽ, đặc biệt là trong công tác KSC lương, phụ cấp lương; công tác KSC bằng tiền mặt, mua sắm tài sản công có thể dẫn đến mất an toàn tiền và tài sản của nhà nước và rủi ro về pháp lý cho chính công chức thực thi nhiệm vụ.
Ba là: Nâng cao chất lượng dự toán. Cần có quy chế quy định bắt buộc cơ quan chủ quản cấp trên phải giao dự toán và phân bổ dự toán thu chi cho các đơn vị cấp dưới ngay từ đầu năm theo đúng quy định của Luật ngân sách. Cần nâng cao chất lượng dự toán tránh tình trạng phải điều chỉnh tăng giảm nhiều lần trong năm.
Bốn là: Tăng cường chỉ đạo, điều hành và tổ chức triển khai thực hiện nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra sát sao, quyết liệt, kịp thời phát hiện những tồn tại, sai sót để chấn chỉnh, khắc phục kịp thời, tránh tình trạng các tồn tại, sai sót lặp lại qua các đợt kiểm tra.