Tổ chức lãnh thổ nông nghiệp nhằm sử dụng hợp lí các nguồn lực về tự nhiên, kinh tế - xã hội các vùng, góp phần đẩy mạnh chuyên môn hóa sản xuất nông nghiệp, nâng cao năng suất lao động xã hội, tổ chức lãnh thổ nông nghiệp có nhiều hình thức khác nhau tương ứng với trình độ phát triển nông nghiệp. (Đặng Văn Phan, 2008)
Trên địa bàn huyện Kế Sách các hình thức tổ chức lãnh thổ của huyện chủ yếu có 3 hình thức chính đó là trang trại, hợp tác xã và kinh tế hộ gia đình.
- Hộ gia đình
Đây là hình thức tổ chức lãnh thổ nông nghiệp quan trọng và phổ biến nhất, là cơ sở để thúc đẩy kinh tế nông thôn phát triển. Cùng với định hướng phát triển nông nghiệp của huyện hiện nay hộ gia đình đã chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi, phát triển nông nghiệp theo hướng hàng hóa. Việc chuyển đổi các giống cây lương thực chủ yếu là lúa, các giống cây ăn quả cho năng suất cao hơn như nhãn, vú sữa, sầu riêng và việc phát triển cây màu ven các trục đường giao thông chính,.… đã từng bước đem lại hiệu quả kinh tế cao tạo động lực cho kinh tế hộ gia đình, các hộ nông dân ngày càng chủ động trong sản xuất, tận dụng diện tích canh tác, sử dụng nguồn lao động trong gia đình, giúp nâng cao cải thiện đời sống của từng hộ nông dân. Theo kết quả tổng điều tra của huyện năm 2016, toàn huyện có 75,39% hộ chuyên sản xuất nông, lâm, thủy sản, các hộ gia đình tham gia sản xuất nông nghiệp ngày càng có những cải tiến trong hoạt động sản xuất, góp phần tăng thêm thu nhập và nâng cao đời sống trong nhân dân.
- Hợp tác xã
Theo báo cáo của phòng Nông nghiệp huyện Kế Sách năm 2017 huyện đã có tổng số 21 hợp tác xã đã và đang hoạt động, trong đó có 3 HTX được thành lập mới vào năm 2017, về số HTX hoạt động có hiệu quả thì chiếm 85,7% (18 HTX). Số thành viên trong HTX của huyện hiện nay có đến 2073 người cũng là là thành viên cá nhân với tổng số vốn hoạt động HTX là 7625 triệu đồng. Doanh thu bình quân của một HTX đạt khá ở mức 600 triệu đồng/năm. Nhìn chung các HTX của huyện được thành lập mới tăng nhiều so với những năm đầu thành lập như so với năm 2003 chỉ mới 13 HTX và doanh thu của các HTX chưa cao, chỉ đạt 130 triệu đồng/năm và lãi của mỗi HTX chỉ đạt 50 triệu đồng/HTX/năm, đến năm 2017 đạt đến 310 triệu đồng/HTX/năm.
Bên cạnh các HTX còn có các tổ hợp tác chủ yếu tổ hợp tác được hình thành do sự tự nguyện hợp tác giữa các hộ gia đình có tài sản nhằm mục đích tăng hiệu quả trong nông nghiệp. Năm 2017 toàn huyện có 60 tổ hợp tác và tỉ lệ các tổ hợp tác hoạt động có hiệu quả là 100% và doanh thu của các tổ hợp tác dạt 45 triệu đồng/năm với lãi xuất mỗi tổ hợp tác là 29 triệu đồng/năm (năm 2017).
- Trang trại
Về trang trại chăn nuôi ở huyện Kế Sách tính đến năm 2017 đối với các trang trại với 100 con trở lên đã có 16 trang trại được thành lập mới tại các xã Đại Hải, Kế An, Xuân Hòa, Nhơn Mỹ, Thới An Hội. Tuy nhiên hiện nay quy mô trang trại trên đia bàn huyện vẫn chủ yếu là các trang trại chăn nuôi và trồng trọt với quy mô nhỏ.