Tổ chức thực thi quản lý nhập khẩu hàng thực phẩm được tiến hành liên tục. Trong quá trình đó cần tăng cường kiểm tra, giám sát, đánh giá từng phần hay toàn bộ kết quả thực thi quản lý. Đối tượng được kiểm tra, giám sát, đánh giá tổng kết về chỉ đạo điều hành thực thi quản lý là các cơ quan quản lý nhà
nước về an toàn thực phẩm trong nhập khẩu hàng thực phẩm từ Trung ương đến cơ sở. Ngoài ra, còn xem xét cả vai trò, chức năng của các tổ chức chính trị, chính trị - xã hội và xã hội trong việc tham gia thực thi quản lý. Cơ sở để đánh giá, tổng kết công tác chỉ đạo, điều hành thực thi quản lý nhập khẩu hàng thực phẩm trong các cơ quan nhà nước là kế hoạch được giao và những nội quy, quy chế được xây dựng từ bước 1. Đồng thời còn kết hợp sử dụng các văn bản liên tịch giữa cơ quan nhà nước với các tổ chức xã hội và các văn bản quy phạm khác để xem xét tình hình phối hợp chỉ đạo, điều hành thực thi chính sách của các tổ chức chính trị và xã hội với Nhà nước.
Bên cạnh việc tổng kết, đánh giá kết quả chỉ đạo, điều hành của các cơ quan nhà nước, còn xem xét, đánh giá việc thực thi của các đối tượng tham gia thực hiện quản lý công bao gồm các đối tượng chịu sự quản lý về nhập khẩu hàng thực phẩm, các đối tượng thụ hưởng lợi ích trực tiếp và gián tiếp từ chính sách, nghĩa là tất cả các thành viên xã hội với tư cách là công dân. Thước đo đánh giá kết quả thực thi của các đối tượng này là tinh thần hưởng ứng với mục tiêu quản lý và ý thức chấp hành những quy định về cơ chế, biện pháp do cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành để thực hiện mục tiêu quản lý trong từng điều kiện về không gian và thời gian.
Trong quản lý nhà nước về thực phẩm nhập khẩu, ngoài việc quản lý đầu vào thông qua giấy phép và kiểm tra tại hải quan, cơ quan quản lý nhà nước còn có trách nhiệm thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm pháp luật về ATTP trong quá trình kinh doanh sản phẩm của doanh nghiệp, quy định xử phạt thực hiện theo Nghị định 178/2013/NĐ-CP ngày 14/11/2013 quy định xử phạt vi phạm hành chính về ATTP với mức phạt cao nhất là 100 triệu đồng đối với cá nhân và 200 triệu đồng đối với tổ chức vi phạm, đồng thời có thể áp dụng mức phạt gấp 7 lần giá trị hàng hóa vi phạm, hoặc rút giấy phép, công bố tên cơ sở vi pham... Việc thanh kiểm tra có thể tiến hành đột xuất khi cần thiết.
Thanh tra ATTP là thanh tra chuyên ngành do ngành y tế, ngành NNPTNT và ngành công thương thực hiện nhằm đảm bảo doanh nghiệp thực hiện đúng các nội dung sau:
- Đảm bảo quy chuẩn kỹ thuật, quy định về ATTP trong kinh doanh thực phẩm.
- Hoạt động quảng cáo, ghi nhãn sản phẩm
- Hoạt động chứng nhận hợp quy, kiểm nghiệm ATTP.
Nhìn chung, chính sách về quản lý doanh nghiệp kinh doanh thực phẩm nhập khẩu đã cơ bản hoàn thiện, khắc phục tình trạng thiếu cơ chế quản lý, thiếu đồng bộ của hệ thống pháp luật trước đây. Tuy nhiên, việc phân chia quản lý theo nhóm sản phẩm dẫn đến các văn bản được ban hành khá nhiều, doanh nghiệp và cơ quan quản lý cấp địa phương phải tra cứu, tìm hiểu và đối chiếu giữa các hệ thống văn bản đối với từng lĩnh vực/ nhóm hàng.