Một trong những những khó khăn, hạn chế hiện nay của công tác GDPL cho công chức cấp xã đó là do trƣớc đây thể chế của công tác này chƣa hoàn thiện. Hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về GDPL còn tản mạn,
chƣa đồng bộ, chƣa có văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực pháp lý cao nhƣ luật hay nghị quyết của Quốc hội nên việc triển khai GDPL gặp nhiều khó khăn, đặc biệt là trong việc xác định và phân công trách nhiệm của các bộ, ngành, địa phƣơng. Chính vì vậy, Quốc hội khóa XIII mới ban hành Luật PBGDPL tại kỳ họp thứ ba.
Việc ban hành quá nhiều văn bản pháp luật cũng nhƣ các chƣơng trình, kế hoạch của nhà nƣớc cần triển khai, thực hiện cùng một thời điểm, trong khi điều kiện nhân lực, vật lực có hạn. Hệ thống pháp luật trên địa bàn thành phố chƣa đồng bộ, tính khả thi thấp, chậm đi vào cuộc sống, chất lƣợng các văn bản luật chƣa cao, số lƣợng các văn bản pháp luật của nhà nƣớc ban hành ngày càng nhiều, lại thƣờng xuyên sửa đổi, bổ sung...do vậy đã ảnh hƣởng lớn đến việc triển khai công tác GDPL. Không chỉ vậy, hệ thống văn bản quy phạm pháp luật nhiều, số lƣợng lớn và liên tục đƣợc sửa đổi, bổ sung nên việc phổ biến đến các đối tƣợng chƣa đầy đủ.
Nhận thức về công tác GDPL của lãnh đạo một số cơ quan, đơn vị còn hạn chế, coi đó là nhiệm vụ của ngành Tƣ pháp. Nhiều văn bản pháp luật mới ban hành đã có hiệu lực thi hành nhƣng chƣa đƣợc tuyên truyền, phổ biến kịp thời đến công chức cấp xã nói riêng và toàn thể cán bộ, công chức, nhân dân nói chung. Một số cơ quan, đơn vị chƣa nhận thức đầy đủ về ý nghĩa, tầm quan trọng của việc triển khai “Ngày pháp luật”, do vậy việc triển khai có nơi còn sơ sài, hình thức.
Một số công chức cấp xã lại lợi dụng kẽ hở của luật pháp để trục lợi cá nhân trong quá trình thực hiện nhiệm vụ. Bên cạnh đó, việc xử lý một số vụ việc vi phạm pháp luật, đặc biệt là một số vụ việc liên quan đến cán bộ, công chức, đảng viên không nghiêm minh, thiếu chính xác đã ảnh hƣởng không nhỏ đến niêm tin của nhân dân đối với pháp luật. Một số cán bộ và nhân dân nhận thức pháp luật chƣa đi đôi với hành động. Tình hình vi phạm pháp luật vẫn diễn biến phức tạp, trong đó có cả đảng viên, công chức.