+ Cơ chế và hoạt động của các bộ phận liên quan còn cứng nhắc, ràng buộc lẫn nhau. Chưa có quy trình làm việc cụ thể và bộ phận giám sát việcthực hiện các chế độ thưởng, phạt trong quá trình thực hiện.
+ Chưa thiết lập được một hệ thống quản lý xuyên suốt từ cơ quan quản lý cơ sở, trung ương với bộ phận quản lý LHS tại nước ngoài. Đã có đề nghị việc cử cán bộ làm công tác quản lý LHS ở các nước tuy nhiên chưa được phê chuẩn do cơ chế còn ràng buộc và chưa thống nhất.
+ Việc quản lý chủ yếu áp dụng các biện pháp và phương tiện mang tính truyền thống nên chưa thực sự hiệu quả và khoa học. Việc quản lý hiện nay vẫn mang nặng tính chất giấy tờ báo cáo. Vì vậy, không đảm bảo được tính chất nhanh nhạy, cập nhật dẫn đến phức tạp và mất nhiều thời gian trong quản lý. Nếu như ở hầu hết các nước có nền giáo dục phát triển trên thế giới thì việc quản lý các học viên trên cơ sở quy định mã số sinh viên để quản lý qua mạng, việc cung cấp thông tin, giáo trình, tài liệu tham khảo, kiểm tra, báo cáo, thông báo kết quả đều thông qua mạng thông tin của từng trường hoặc qua mạng Internet thì ở nước ta hiện nay mọi vấn đề quản lý vẫn giữ phương thức được hình thành từ nhiều năm trước, đó là giấy tờ và sự hiện diện trực tiếp. Hạn chế rõ ràng của phương thức này là sự bất tiện và chậm trễ cho các học viên. Còn đối với cơ quan quản lý thì đó là sự cồng kềnh trong bộ máy quản lý và sự thiếu hiệu quả trong thực tế.