+ Do cơ cấu nhân sự của Cục ĐTVNN được giao quá mỏng và công việc của cán bộ phải kiêm nhiệm nhiều việc khác nên có phần nào ảnh hưởng đến công tác tổ chức thực hiện quản lý sử dụng tài chính. Kinh phí giải ngân lớn, cán bộ phụ trách phần nhiều là nhân viên hợp đồng nên trách nhiệm ràng buộc chưa cao. Cục ĐTVNN chưa thường xuyên thực hiện được công tác kiểm tra, đánh giá và tự kiểm tra nội bộ về công tác cấp phát kinh phí để rút ra kinh nghiệm, kịp thời khắc phục nhầm lẫn, sai sót. Bên cạnh đó, Cục chưa đẩy mạnh triệt để công tác ứng dụng công nghệ thông tin vào trong quản lý tài chính, việc thực hiện sổ sách theo dõi tài chính được thực hiện thủ công, công việc nhiều khi chồng chéo ảnh hưởng đến tiến độ cấp phát và chưa khoa học.
+ Việc đầu tư cho công tác quản lý LHS nói chung và sinh viên nói riêng chưa tương xứng với tầm quan trọng và yêu cầu đặt ra về nguồn nhân lực, cơ sở vật chất, tài chính, bộ máy quản lý. Các cơ chế, chính sách trong lĩnh vực này chưa thường xuyên cập nhật, đổi mới, có mảng công tác còn bỏ ngỏ. Chậm thể chế hoá các luật, chủ trương quan điểm đường lối của Đảng và Nhà nước. Hệ thống thông tin quản lý chưa đủ mạnh, chưa kịp thời, chưa kịp thời, phương tiện còn hạn chế.
+ Về nguồn nhân lực: Thiếu cán bộ quản lý và làm công tác cấp phát kinh phí cho các sinh viên tại nước ngoài, đặc biệt là cán bộ làm công tác chuyên biệt về tài chính. Hiện nay, tình trạng quá tải trong công việc diễn ra ở rất nhiều cơ quan từ trung ương tới địa phương. Điều này dẫn tới tình trạng một cán bộ phải phụ trách hoặc kiêm nhiệm nhiều công việc khác nhau, nhiều công việc trong số đó không liên quan đến nhau dẫn đến tình trạng làm việc không khoa học, không chuyên môn hoá.